明太祖朱元璋去世时,因长子朱标已先他亡故,而由皇太孙朱允炆继位,这就是建文帝。其时,建文帝才二十一岁,其叔父朱棣为了得到王位,悍然发动战争,攻入南京,夺取帝位,成为永乐帝。
1402年6月,当朱棣所率之燕军攻入南京的时候,皇宫中大火冲天,富丽的宫殿顷刻化为灰烬。燕军冲入后宫,到处寻找建文帝，结果就是找不到,后来找出一具尸体,经检验却是一具女尸,那么建文是生是死呢?下落如何?便成为绵延几百年的一桩历史悬案。
燕王朱棣在夺得政权后,公布了建文帝的下落,说他已自焚而死。《永乐实录》也有如下记载:
“南京城陷,阖馆自焚。上(指朱棣)座见宫中烟起、急遣中使往救,至已不久。中使出其尸于火中”,“壬申,礼葬建文君,遣官至祭”,“辍朝三日”。
不过，此处记载疑点颇多。朱棣即位实属名不正言不顺。
但他大肆屠杀建文诸臣，焚毁史书，在这种恐怖气氛下谁敢秉笔直书靖难之役？从史料看，中使也不可能在焦尸中一下子就认出建文帝来，更无验明其正身的记载。而且至今未发现由明政府建造的建文帝陵墓，礼葬从何说起？
另据《神宗实录》载，明神宗在文华殿讲读时，曾问他的辅臣
“闻建文帝逃免，果否？”
可见， 明朝统治者对此也是存疑的。看来，自焚说只不过是朱棣为自己篡权弑君开脱罢了。
与《永乐实录》的记载不同，许多野史如《明朝小史》、《今言》等均说建文帝在东京被围时装扮成僧人逃走了。传说京城被围，建文帝心急如焚，想要自杀，这时一少监呈上一铁匣，说太祖朱元璋临终前留下让建文帝遇难时借以避难，打开一看，里面是剃刀，鞋帽、袈裟和一张度牒（出家人的凭据），另有一字条：
“应文（允炊〉从鬼门出，余从水关御沟而行，会于神乐观之西房。”
建文帝赶紧化装打扮，从鬼门逃走了。
不少人进一步据此此认为，1405年明成祖派郑和下西洋的一个重要目的就足寻找建文帝，明成祖派人寻访仙人张三丰，实际上也是为寻找建文帝，并认为建文帝的主录僧溥洽被关押十余年是因为他知道建文帝的出亡情况。
不过，也有不少史家不同意上述看法。
明人万斯同就 认为“紫禁城无水关，无可出之理”。当时，燕军把京城包围得水泄不通，建文帝多次派人秘密出围求救，均未成功，建文帝即使逃出了京城，也不可能逃出燕军的重围。
另外，朱棣占领南京，只拥有全国三分之一的土地，大部分国土还在建文帝统治下，如果他真能逃出，为何不召集人马平叛呢？何况他并非平庸之辈，怎会甘心自己的失败，退出政治舞台而削发为僧呢？可叹！朱元璋如果在天有灵，会不会后悔把皇位传给朱允炆呢？
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