咸豐十年（1860年）五月，重建兩年多的清軍江南大營再次被太平軍攻破，清廷在長江下游僅剩兩處完土——馮子材勉強支撐的鎮江和依靠西洋僱傭軍拒外敵的上海。不久，曾國藩的湘軍攻克太平軍上游重鎮安慶。是時，躲避在上海的江蘇巡撫薛煥、團練大臣龐鍾璐等人公推太倉紳士錢鼎銘前往安慶求援，作申包胥泣於秦哀公之請。於是，曾國藩的門生、福建延建邵道臺李鴻章被老師薦為援軍統帥。同治元年（1862年）四月初，李鴻章率13營士兵約9000人先後乘坐僱傭的英國商船從安慶出發，前往上海抵禦太平軍並收復失地，從此正式走上歷史舞臺。李鴻章是安徽合肥人，他的部下也大都來自安徽江淮一帶，因此被人稱為“淮軍”。
淮軍創始人李鴻章
李鴻章投奔曾國藩之前，跟隨他的會試座師安徽巡撫福濟在廬州鎮壓太平軍。福濟帶兵沒打過像樣的勝仗，駕馭部下卻有很多花樣，挑唆將領們相互猜忌，以達到控制目的。李鴻章耳濡目染，將學會的這一套手段盡數用在淮軍將領身上，不使部下和睦相處，用他自己的話說“時時以不肖之心待人，以防眾人合而謀我！”
淮軍諸將與李鶴章的矛盾
早期淮軍班底中堅人物主要有在安徽辦團練的劉銘傳、潘鼎新、吳長慶、周盛波兄弟、張樹聲兄弟以及太平軍降將程學啟等人。李鴻章五弟李鶴章時為淮軍前敵總指揮，入則出謀劃策、出則調兵遣將。實際上，李鶴章軍事才具極為有限，因此很為淮軍諸將領看不上。在湘軍中不得志的郭松林、楊鼎勳跟隨淮軍奔赴上海，起初為李鶴章部下偏將，屢立戰功後逐漸輕視主帥，經過劉銘傳等人拉攏，合力排擠李鶴章。李鴻章也知道五弟才具平常，又遭諸將嫌棄，於是讓李鶴章另統一支偏師，之後劉銘傳等人獨立成軍，不相統屬，只由李鴻章直轄。對於淮軍的這次人事變動，有人評論說“銘軍、盛軍、鼎軍、樹軍本來像沒有翅膀的鳥，如今有了郭、楊兩人的加入，就可以一飛沖天了。當然，淮軍也由此開始從湘軍中逐漸蛻變出來。”
李鴻章與程學啟的矛盾
程學啟恥於太平軍降將身份，兼且投降後妻兒皆被太平軍報復所殺，與太平軍作戰時身先士卒，奮不顧身，是淮軍有名的悍將。程學啟最心狠手辣的舉動就是在蘇州殺了投降的太平軍四王四天將，當時投降的太平軍約有十萬之眾，這是一股不可忽視的軍事力量，此前太平軍就有降而復叛的先例，所以有“受降如受敵”的說法。因此，在程學啟的建議下，李鴻章殺掉開城投降的四王四天將，又殺了兩千多抗命不從的太平軍戰士，徹底解決了降將帶來的後顧之憂。但李鴻章畢竟是讀書人出身，雖然同意了程學啟殺降，卻偏偏於心不忍的懟了一句“君亦降人矣！”一下子戳中程學啟的痛處，臉色頓時極為難看，轉身而去。後來程學啟進攻嘉興時，被太平軍的洋槍擊中胸口及太陽穴，傷重不治，口中反覆囈語“君亦降人矣”而死，可知李鴻章無意間一句話讓他抱憾一生，至死不釋。
李鴻章與吳長慶的矛盾
袁世凱的伯樂吳長慶與李鴻章是姻親，但是兩人卻不太對付，緣於李鴻章輕視吳長慶。當劉銘傳等人獨立成軍時，同為老資格的吳長慶的慶字營卻劃給了劉秉璋。劉秉璋也是個厲害角色，是李鴻章父親李文安的學生，後來官至四川總督，也是淮軍中除李鴻章外唯一的翰林出身。好在劉、吳兩家是世交，劉秉璋也能知人善任，相處尚算融洽。後來吳長慶因軍功被保至副將，按清代慣例二品以上官員皆是紅頂子，副將是從二品武官也在此數。李鴻章看到軍功保案，跟劉秉璋開玩笑說：“你部下最平庸的人，現在也可以戴紅頂了！”這話後來被吳長慶聞知，極為憤怒。淮軍將領倚重於李鴻章的後來大都出任封疆大吏，如劉銘傳任臺灣巡撫、潘鼎新任廣西巡撫、張樹聲任兩廣總督、劉秉璋任江西巡撫等。但經此事後吳長慶卻獨樹一幟，開始結交朝貴為聲援，籠絡文人以通生氣，卻由於沒有受到李鴻章的鼎力推薦，至死沒能出任方面大員。
袁世凱的伯樂吳長慶
李鴻章與吳毓芬、吳毓蘭兩兄弟的矛盾。
吳氏兄弟起初跟隨李鴻章父親李文安在合肥辦團練，加入淮軍時隸屬於程學啟，以“華字營”行於軍旅。淮軍攻打嘉善時，“華字營”與劉秉璋親慶軍因搶功發生糾紛，那時程學啟已死，劉秉璋以勢壓人，將“華字營”統領吳毓芬綁起來抽了幾鞭子作為懲戒。吳毓芬找到李鴻章告狀，說：“我已積功保至道臺銜，大清開國兩百多年，從沒聽說過可以鞭打道臺的，大帥你要替我做主！”湘淮軍的慣例是隻看軍中級別，從不以朝廷官階定身份，吳毓芬是營官，而劉秉璋時為統領，級別高於吳毓芬。因此，李鴻章責備吳毓芬說：“你好歹也讀過幾天書，不知道在軍中要服從軍法嗎？”吳毓芬氣憤不過，不久即辭別歸鄉。
過了一段時間，李鴻章偶遇“華字營”某軍官，忽然想起吳毓芬，便問說：“主將跟你有書信往來嗎？”那名軍官也是死心眼，說有往來，並從袖中拿出給李鴻章過目。李鴻章看後盛怒不已，信上說：李宮保這個人不值得相處，你們瞅機會也溜之大吉吧。此後，李鴻章絕口不提吳毓芬。
吳毓芬走後，吳毓蘭代替其兄統帶“華字營”駐紮揚州。同治六年冬，東捻軍領袖遵王賴文光突破六塘河防線，沿運河南下淮安、寶應，圍剿的淮軍諸將窮追不捨，吳毓蘭在揚州瓦窯鋪設伏，一戰而擒賴文光。《清史稿》對此評價說：低階小官吳毓蘭以擒獲巨憝顯名。功名之際，遭際固難測哉！ 但是這樁大功勞並沒有給吳毓蘭帶來顯赫地位，官階依然是道員候補，幾乎原地踏步。後來有人問李鴻章：“吳毓蘭立此大功，為何沒有賞賜？”李鴻章說：“時間太久，大概是朝廷忘記了吧！”
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