在1902-1903年法國殖民越南時期，河內地區爆發了大鼠疫，許多人都在這場鼠疫中死亡，甚至由於太嚴重，只能用科舉考試的文廟來做隔離醫院。
河內文廟
河內在20世紀初得了一場鼠疫的故事在一本由Claude Bourrin著作的《Chooses et gens en Indochine》一書中有詳細的記錄，在1902年末到1903年之間，河內發生了一場鼠疫，這場疾病帶走了許多河內人民的生命。在河內發生鼠疫之前，這場鼠疫曾經在廣州，香港和印度爆發。
河內鼠疫突然爆發
在這個時候，Bourrin是法國殖民時期大皇宮的代表法國的士兵，一天晚上，他聽到在一些安南士兵突然叫了起來，他立即到達地點，發現有幾個士兵突然痛苦在地上掙扎，當時他向當時法國殖民時期的越南警察局上報，並及時送這幾個人去醫院。
當時在法國人開設的醫院中，生病的士兵經測體溫，這些人的體溫是39度至42度。手腳出現了像水泡一樣的痘痘並迅速化膿甚至出血。病人表現為呼吸困難，胸口疼痛，身體孱弱。如果得不到有效治療，患者會在24-48小時內死亡。
這種鼠疫傳染性很高，許多人染病，之後民眾染病率越來越高。當時河內的法國殖民者正準備展會，總督府得到鼠疫的消息瞬間議論紛紛，法國殖民者立即宣佈關閉即將開的展會。他們將被感染鼠疫的士兵的物品運送到固定地區進行焚燒。
現在越南和鎳文廟是河內的地標象徵之一
隨著染上鼠疫的人越來越多，他們集中到法越殖民地政府的醫院進行治療。由於病人過多，醫院無法承受，當時就把平時祭孔和科舉的河內文廟改造為臨時的隔離醫院。
當時用文廟做醫院後是有一個故事的，當時法國殖民地政府想拆除位於河內市中心的文廟，用作河內城市建設擁堵，於是準備利用文廟改為鼠疫醫院的機會，直接拆除改為永久醫院，並選郊區一個新的地方建文廟。這個故事同時也在阮佰潭的《那時候的河內》這本書中有所記載，當時殖民地政府向一些阮朝官員詢問建造文廟的意見。
河內文廟
當時一位名叫範文樹官員回應：此次疫情發展迅速，整個京城的人民都發病，用文廟來做隔離地區，無疑是對的，但是文廟的地位在越南人中是非常重要的，因為文廟無論是阮朝京城的順化還是河內，各地的文廟都是越南人民心目中的文化精神支柱，河內文廟必須要完整地保存下來，對於新建文廟的設想比較擔心，恐怕操作不慎就會引起越南民眾的反對。
河內文廟有很多漢字
當時法國有些官員對遺蹟保護已經有一定的觀念，也考慮殖民統治的穩定，最終法越殖民地官員聽取到這位阮朝官員的建議，承諾會保護好現有的文廟，會還給人民一個跟以前一樣的文廟。
之後，隨著這種鼠疫疫苗的出現，鼠疫病情得到了控制，這種疾病才最終被打敗了。幾天後，殖民政府就讓幾百名修理工對文廟進行了復原，恢復了文廟昔日的景象。
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