上海海事大學校徽是上個世紀九十年代由該校教師韓寶威老師所設計。校標為藍白圓形圖像徽標，由學校英文名稱(SHANGHAI MARITIME UNIVERSITY)和建校年份(1909)組成外圓圈，中間上方為帆船、講臺、課桌等元素的組合， 下方為展開的圖書和飛翔的海鷗的重合，中間嵌有舒同體“上海海事大學”字樣。海事大學更名後，在原上海海運學院校徽基礎上修改。
上海海事大學各學院院徽
上海海事大學商船學院其前身可以追溯到1909年南洋公學船政科（吳淞商船專科學校），1995年4月，航海系、輪機系合併組建商船學院。
上海海事大學交通運輸學院是全國高校最早創建交通運輸類專業的學院之一，開創了新中國航運管理人才培養的先河。學院前身是建於1950年的大連海運學院海運管理系和建於1952年的武漢水運工程學院的航運系。1962年和1963年經交通部專業調整，大連海運學院、武漢水運工程學院兩院的水運管理專業整體調入上海海運學院
上海海事大學經濟管理學院的前身源於創辦於1956年的武漢水運工程學院水運經濟專業。1962年，上海海運學院開設交通財會專業，是上海最早開設會計本科專業的高校之一。1963年,交通部進行部屬院校專業調整，確定上海海運學院以培養水運經濟管理高級專門人才為重點和主要特色，遂將武漢水運工程學院、大連海運學院經濟管理類專業，整體併入上海海運學院，合併組建新的水運經濟系、水運管理系。
上海海事大學外國語學院前身是成立於1978年的上海海運學院外語系，1965年，交通部決定在上海海運學院增設英語專業和法語專業（本科辦學），歸屬遠洋運輸系。1979年創建我國第一個翻譯理論與實踐碩士研究生專業。
上海海事大學自建校以來一直設有以海商法為核心的法學類課程，在海商法界權威魏文翰、魏文達教授的帶領下，首開我國高等院校海商法教學與科研的先河。1979年，該校開始招收國際法學研究生，是我國國內最早開設海商法碩士研究生教育的高校，1981年成為我國首批獲得國際法學碩士學位授予權的高校，1985年開始招收國際經濟法（海商法）本科專業。2008年9月24日，由法律系升格成為法學院。
上海海事大學物流工程學院的前身是創建於1958年8月的大連海運學院港口裝卸組織及機械化專業，1962年整體調至上海海運學院。先後經歷“港口機械系”、“起重運輸機械系”、“機械工程系”時期，1997年，機械工程系、計算機科學院、電子工程系合併成立工學院，2003年，工學院一分為二，成立物流工程學院。
上海海事大學是上海地區較早開設計算機本科專業及擁有應用碩士點的高校之一，1979年正式成立計算機專業並招收第一屆本科生；1985年成立計算機科學系，並招收第一屆計算機應用碩士研究生；1990年獲得計算機應用工學碩士學位授予權，成為當時交通部部屬高校中唯一的計算機專業碩士點，2003年，電子系和計算機系從工學院中分出，成立信息工程學院。
上海海事大學海洋科學與工程學院是我國涉海高校中第一個以海洋工程為主的綜合性海洋科學與工程學院，2013年5月，上海海事大學海洋環境與工程學院、海洋材料科學與工程研究院、上海海事大學海洋文化研究所合併組建海洋科學與工程學院。
上海海事大學文理學院成立於2008年5月，前身是上海海運學院基礎部教學部。基礎部的歷史與學校同時誕生。在建設初期，就設有基礎教學部，專門負責學生的數學、物理和化學等公共基礎課程的教學工作。
徐悲鴻藝術學院是在工業設計專業的基礎上發展和成立起來的。2002年，上海海運學院機械系創辦工業設計專業。2009年，成立徐悲鴻藝術學院。擁有設計學和美術學兩個一級學科，包含工業設計、視覺傳達設計、繪畫三個本科專業方向。
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