許多人都覺得“菌肥和微生物菌劑不能和殺菌劑混用” ，但是在實際應用中，有許多微生物菌劑與一些化學藥劑一塊混用，不僅不會導致微生物菌失活，反而使效果大大增強了，而有的混合使用會導致效果變差，那麼到底微生物菌能不能與殺菌劑混合使用？又能夠與哪些殺菌劑混合使用呢？
第一、土壤哪些微生物是有益的
土壤微生物是土壤中細菌、真菌、放線菌和藻類的總稱。
土壤中一般以細菌數量最多，佔總數的70%-90%，有益的細菌有固氮菌、硝化細菌和腐生細菌，有害的則有反硝化細菌。
放線菌也屬於細菌（原核生物，但有與真菌類似的菌絲和孢子），放線菌能夠分解動植物的殘體，由蛋白質分解氨，使土壤中的有機質增加，提高土壤肥力，但對其他微生物生長有抑制作用（拮抗），由放線菌產生的抗菌素很多製作成農業殺菌劑。
真菌類微生物就比較多了，植物上的很多病害都屬於真菌類型，如土傳病害（根腐病、猝倒病、立枯病、晚疫病、灰黴病等等），而一般的有益微生物基本是類屬於細菌類型的。
第二、市場主流菌劑複合什麼菌
菌肥與微生物菌劑市場上主要有
1、細菌類（各種芽孢桿菌、光合菌）。
2、真菌類（菌根真菌、木黴菌、淡紫紫孢菌）。
3、放線菌類（抗生素類）。
4、複合菌類（EM菌，以及添加多菌種的複合製劑，複合植物源的微生物殺菌劑）
第三、瞭解殺菌劑分類
市場上主流殺菌劑包括：
1、真菌殺菌劑（多菌靈、福美雙、甲霜靈、甲基硫菌靈、咯菌腈、嘧菌酯、吡唑醚菌酯等）
2、真菌細菌通殺型（硫酸銅鈣、鹼式硫酸銅（波爾多液）、乙酸銅、絡氨銅、乙蒜素、王銅（氯氧化銅）、氫氧化銅、氯溴異氰尿酸等）
3、細菌殺菌劑（葉枯唑等）
微生物菌能不能和殺菌劑混用？
1、細菌性菌肥與微生物菌劑可以和真菌殺菌劑混用 ，但不能和細菌殺菌劑混用（已有農業工作著推廣使用較長時間，事實已經證明。例如龍仕達公司白立健（哈茨木黴菌.枯草芽孢桿菌）和乙醚酚、嘧菌酯等殺菌劑復配，打白粉病效果表現更明顯）。
2、特定的菌肥與微生物菌劑和殺菌劑組合，可以在不影響菌肥效果的前提下混合使用，可以起到效果互補的作用。即可調理土壤，又可以解決各種病害問題。
3、如果不確定微生物菌劑和菌肥中複合微生物菌是真菌還是細菌，儘量不要與化學殺菌劑混用。
4、土壤燻蒸與土壤處理後，再施用微生物菌劑和菌肥，是目前比較成熟運用的方法。
5、微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。 與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過鹼的肥料混合使用。
6、菌肥與微生物菌劑應避免與能殺死該菌種的農藥以及殺菌劑混用。
7、一般能夠製成製劑的，都會選用活性較高、存活時間較長的微生物菌種，只要現配現用基本上對微生物菌種不會造成較強的滅殺性，當然，真菌、細菌通殺型的化學殺菌劑除外！
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