漢獻帝劉協是漢靈帝劉宏的次子，母親王美人，名王榮（後來追諡為“靈懷皇后”），是前五官中郎將王苞的孫女、王章之女，出身於名門世家。劉協出生後，生母王美人就被何皇后毒殺。
漢靈帝更喜愛王美人所生的劉協而不是何皇后所生的劉辯，但漢靈帝並不懂得如何保護劉協。他只是把劉協交給母親董太后撫養，沒有剪除何皇后的羽翼，更沒有留下重臣保護劉協。如果漢靈帝真要保護劉協很容易，藉著何皇后毒殺王美人直接將何皇后賜死或者褫奪皇后封號降為美人，追封王美人為皇后，將何皇后的兩個哥哥貶為太守調往邊鄙之地，把董太后的弟弟與侄子提升為車騎將軍甚至驃騎將軍，冊封劉協為皇太子。
漢靈帝沒有保護好劉協，中平六年（189年）四月漢靈帝駕崩後嫡長子劉辯也就在舅父大將軍何進的支持下順利登基為皇帝。何進在誅除宦官的過程中被宦官所殺，宦官又被何進的部下袁紹、袁術等人進宮斬殺，“螳螂捕蟬”結果董卓做了黃雀控制著朝政。董卓認為劉協比劉辯機靈而且是董太后一手撫養，董太后是自己的同宗，也就在這年九月廢黜小皇帝劉辯，擁立九歲的劉協為皇帝，劉協就是漢獻帝。
漢獻帝是標準的傀儡皇帝，從中平六年（189年）九月漢獻帝被司空董卓扶上皇位，到延康元年（220年）十月漢獻帝被迫將皇帝位禪讓給魏王曹丕，漢獻帝當了三十一年的“政治吉祥物”。無論是董卓從司空改封為太尉還是拜為相國甚至太師，至少董卓眼中漢獻帝還是“人畜無害”，但在其他人眼中就並非都如此。
漢獻帝登基不久，東郡太守橋瑁就假託朝廷三公給各州、郡的文書，陳述董卓的罪惡，要求廢黜劉協恢復劉辯的皇位。橋瑁好心辦壞事，直接導致董卓毒死廢帝劉辯。
初平二年（191）正月，袁紹、韓馥等以獻帝年幼，且控制在董卓手裡為由，欲廢掉獻帝，推舉幽州牧劉虞為帝。劉虞漢光武帝劉秀之子東海恭王劉強之後，與漢靈帝甚至漢桓帝血緣疏遠，袁紹這種想法當然得不到支持，甚至袁紹的“小弟”曹操與弟弟袁術都不同意，劉虞也覺得荒唐堅決推辭，這才作罷。當然，這也導致袁紹與袁術關係緊張，形成了相互敵對的兩大軍事聯盟。
劉虞的兒子劉和在長安朝廷擔任侍中，漢獻帝想憑藉關東軍的力量還都洛陽，就偷偷派劉和帶著密召出關求助。結果劉和進攻袁術地盤時被扣押，後來好不容易逃離袁術轄區又被袁紹扣押，漢獻帝求救關東諸將的計劃也就不了了之。
初平三年（192年）四月司徒王允聯合呂布刺殺董卓，五月王允又被董卓的舊部李傕、郭汜等人逼死，呂布也戰敗逃往關東，漢獻帝再次成了傀儡，只是“當家人”換成了董卓的部下李傕、郭汜等人。李傕、郭祀從中郎將都不是的校尉，很快升為李傕為揚武將軍、揚烈將軍，藉著又升為車騎將軍與後將軍。
這時曾擔任右車騎將軍的朱儁屯軍中牟，徐州刺史陶謙等欲推舉他為太師，聯合前揚州刺史周幹、琅邪國相陰德、東海國相劉馗、彭城國相汲廉、北海相國孔融、沛相袁忠、泰山太守應劭、汝南太守徐璆、前九江太守服虔、博士鄭玄等人共朱儁為太師，移檄牧伯，同討李傕等，奉迎天子。董卓曾經借用小皇帝一紙詔書宣手握重兵的軍中名宿皇甫嵩進京師洛陽從而瓦解皇甫嵩等人的勤王行動，李傕如法炮製以小皇帝的名義宣召朱儁進京師長安，這次勤王行動也迅速瓦解。漢獻帝雖然只是“政治吉祥物”，對於那些謹守人臣之道的皇甫嵩、朱儁等名宿卻屬於“超級武器”，這也是後來被曹操看重之所在。
這是涼州叛軍首領韓遂、馬騰也來到了長安，控制長安朝廷的李傕、郭祀為了拉攏兩人，封韓遂鎮西將軍，遣還金城，封馬騰為徵西將軍，屯於郿。
興平元年（194年），馬騰有私事求於李傕，沒有得到應允，於是率兵相攻。漢獻帝派使者勸解，沒有成功。馬騰聯合韓遂一起進攻長安，涼州叛軍畢竟不是西涼正規軍的對手，李傕使樊稠、郭汜以及侄子李利出擊，馬騰、韓遂敗走，退回涼州。李傕等人又與馬騰、韓遂講和，改任馬騰為安狄將軍，韓遂為安降將軍，兩人降職為雜號將軍。
興平二年（195）通力合作共同執掌朝政多年的李傕、郭祀、樊稠、張濟這四位當年中郎將牛輔麾下的“四校尉”，終於出現了內訌。
二月，樊稠欲帶兵向東出關，向李傕索要更多的士兵，李傕顧忌樊稠勇而得人心，又因為當初樊稠私自放走了韓遂，於是讓樊稠、李蒙過來參加會議，趁機刺死了樊稠、李蒙，兼併了樊稠、李蒙的部隊。郭汜的妻子害怕李傕送婢妾給郭汜而奪己之愛，就挑撥郭祀與李傕之間的關係，導致李傕與郭祀率兵相攻，交戰連月，死者萬計。漢獻帝派人勸解，沒有成功。
三月，李傕派侄子李暹劫持漢獻帝到自己營中，郭汜則劫持了前來勸和的公卿，二人繼續交戰。李傕逼漢獻帝封自己為大司馬，位在三公之上。這時“四大校尉”之一的張濟率軍從陝縣趕到長安勸解，李傕和郭汜答應和解並易子為質，同意漢獻帝東歸洛陽。
七月，漢獻帝出長安東歸。李傕引兵出屯池陽，張濟、郭汜以及原董卓部下楊定、楊奉、董承皆隨天子車駕東歸。李傕、郭祀等人放走了漢獻帝也就從“中央軍”變成“地方軍”甚至淪為普通軍閥，西涼軍逐漸式微。
漢獻帝在楊奉、董承等人的保護下逃往弘農，進駐安邑，又輾轉東行，終於在建安元年（196年）七月回到闊別6年之久的洛陽，但此時的洛陽已經一片廢墟。文武百官沒有糧食給養，尚書郎以下的官員都要自己去採集野菜衝擊，大量餓死或者被亂兵殺死。漢獻帝離開長安時下詔讓各路諸侯勤王，結果關東諸將都忙於爭地盤無人響應，漢獻帝君臣到了前所未有的困難時期。
正在漢獻帝君臣在洛陽走投無路時，傳來了曹操勤王的消息，東漢朝廷終於山窮水盡之際柳暗花明。
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