甲午之战中，袁世凯奉命协助周馥办理东征转运事宜，在此期间，袁世凯遍访战场各处，而且深入战场第一线，做了大量切实的工作，并从战争的后勤保障、军事战略战术以及对战场形势的预估方面都给出了中肯的意见。最后，基于战场形势的客观发展，袁世凯上书李鸿章建议议和是当下中国政府最恰当的选择，当然，对于这时的袁世凯来说，高层是不可能听取他的意见的，毕竟他当时还是一个位卑言轻的一个小吏，但是从不久之后清廷的议和动作来讲，袁世凯的意见还是非常符合清政府高层的想法的。
甲午之战后，清政府把所有的责任都推到了李鸿章的身上，同时把所有的赞美之词全都用在了袁世凯的身上。李鸿章这时也是相当的郁闷，因为当初清政府相对日本用兵的时候，李鸿章可以说是唯一一个反对对日用兵的人，但是当时的老佛爷被西方大国给欺负的实在是无处撒气，回过头来一看，好呀，一个小小的日本也敢跟爷叫板了？西方大国我干不过，但是如果我连个倭寇都弄不了的话，我天朝颜面何存？所以，当时清政府高层中对日用武的声浪是非常高的，只是没想到自己还没动手呢，日本却先发制人了，而且自己还败的如此狼狈。
甲午海战
李鸿章此时并没有因为自己被人诟病而去迁怒袁世凯，相反，由于袁世凯在朝鲜的措施不仅重振朝廷的生威，而且手腕强硬的制衡了各方列强，处处显示着袁世凯的高瞻远瞩，所以李鸿章对袁世凯十分赏识，处处提携，隐隐有培养其做自己接班人的趋势。这个时候甲午兵败，清廷高层一致认为整军经武刻不容缓，虽然之前朝中也有革新的呼声，但是这些革新的呼声没等喊出口呢，就被守旧派给一举歼灭了，所以整备军队这个重中之重的事一时还真就不好确定合适的人。就在这时袁世凯的身影在李鸿章等实权派的保举下出现在众人眼前，袁世凯此人本身就是个复杂的双重人格的人，他是旧势力中的新人，同时他也是新势力中的保守派，就这样，袁世凯左右逢源的得到了新旧两派的支持，同时也取得了慈禧和光绪的信任，小站练兵的重责也就交到了袁世凯的手中。
甲午之战
袁世凯接手小站之后，虽然他曾经帮助过朝鲜韩王练过兵，回国之后也写过兵书，身边也有文武幕僚，但是他们都缺乏实际的现代军事理论知识，所以为了搭建切实可行的现代军事系统网络，袁世凯也是颇费一番苦心。
首先，袁世凯找到了曾经留洋学习军事理论，后来回国主导了早期新兵军事训练改革的荫昌，希望荫昌能够介绍几位现代军事人才。荫昌也毫不藏私，当即就把当初在武备学堂中表现异常优秀的冯国璋、段祺瑞、梁华殿、王士祯介绍到了袁世凯的麾下。
这几个人的到来，使袁世凯如虎添翼，他立即命冯国璋担任步兵学堂总办兼督练营务处总办；命段祺瑞为炮兵学堂总办兼炮兵营统带；王士祯为工兵学堂总办兼工兵营统带；这三个人既练兵又统兵，这就解决了之前统练不一，新军事战术无法发挥的弊端，同时这三人也成为了袁世凯小站练兵的三大支柱，后来被称为“北洋三杰”，梁华殿则因为刚到小站不久后的一次拉练中坠河而亡，否则就是“北洋四杰”了。
甲午
其次，袁世凯修建小站废垒，扩充营地基建，同时请求改定武军（小站之前训练的士兵称为定武军）为新建陆军督练处以正名，派遣副将于全国招募兵丁，并且统一器械规格。由于新兵训练之法完全新式，器械装备全部进口，而且各种事物明目繁多，所以小站练兵花费巨大，因此袁世凯被一部分守旧派所攻击、弹劾。清廷于是派荣禄（慈禧身边红人，慈禧对其是言听计从）到小站检阅考察。一番考察后，荣禄对袁世凯的能力惊为天人，一纸报告就送到了慈禧、光绪面前，由于光绪锐意革新，对新事物和意见接受能力很强，所以荣禄对一纸报告直接形成了慈禧、光绪两人对袁世凯的好感。
第三，由于袁世凯统兵的成绩赫然，清廷高层对新建陆军的规模、训练、精神以及所操演的阵型、战术十分满意，所以慈禧密令袁世凯以新建陆军为模版组建北洋军。袁世凯很快就将组织北洋新军的具体计划送到了慈禧案头，北洋军一切仿效新建陆军，建议北洋新军订名为“武卫军”，一共分为五军：武卫前、后、左、右、中军，每军共辖八营：步兵五营、炮兵一营、马兵一营、工兵一营，另附一个学兵营，每营1000人。朝廷立即接受了袁世凯的建议，并命荣禄为武卫军中军统帅并兼统中军，马玉崑统领前军、聂士成统领左军、袁世凯统领右军、董福祥统领后军，每军9000人。由此，袁世凯过上了手握军权的美好人生。
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