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京杭大运河的开凿对周边自然河流影响很大，还有破坏作用。尽管古代生产力水平较低，征服自然能力很差，但对沿途小的河流还是有一定的干扰，或者是改变。主要有以下几方面的影响。
首先是径流变化：京杭大运河相当于人工开凿的河道，河道里没有水，就得要考虑到充分利用周边河流，补给大运河河水，这将对原有的河流径流产生影响，例如：明清时期的大运河利用大汶河河水补给。看下图
大汶河发源于山东沂源县境内，汇泰山山脉、蒙山支脉诸水，自东向西流经莱芜、新泰、泰安、肥城、宁阳、汶上、东平等地 ，汇入东平湖。大运河经过东平湖，恰是大运河河道上的高点，可以利用东平湖湖水补给济宁——洪泽湖运河河段。历史上大汶河汇入东平湖，东平湖蓄满后，注入黄河，后来由于运河开通，补给运河水，东平湖被“拐卖”，成了淮河流域内湖泊。淮河有些支流发源于东平湖也因运河开凿源头受到影响。
东平湖补给运河后，相当于延长的大汶河的河流长度，过去止步于东平湖，现在可以延伸到淮河，人为地由黄河支流改变成了淮河的支流。
其次是人为袭夺河流，上图，滹沱河发源于山西忻州繁峙县，流经山西、劈开太行，穿过平山县岗南水库和黄壁庄水库，经过河北省省会城市石家庄，最后汇入子牙河。
滹沱河穿过太行山后，河水中携带了大量泥沙沉积下来，自出了岗南水库后河道不稳定，河道左右摇摆。在东汉、北宋年间黄河改道至河北平原入渤海，袭夺了滹沱河，成了它的支流。
黄河改道南徙后，滹沱河下游河道一直滚动在藁城、晋县、束鹿一带冲积扇的轴线上，又下夺黄河故道，单独入渤海，自成水系。随着京杭运河的开通，切断了滹沱河的入海通道。相当于人为的袭夺了滹沱河，并入子牙河水系。
上图，元朝时，挖掘大运河，在洛阳至洪泽湖河段利用淮河支流改成运河河道，对自然成长起来的河流会有人为地改变。商贾云集的码头对于小的河流会产生污染或和破坏。古代不如我们现在有高铁、航空，可以分散客流，南来北往没有更好交通运输线，只能依靠京杭大运河承担着南北客运和货运，沿河交叉客运繁忙，对河流影响也不会太小。但对大江大河可是有所惧怕，从来没有打它们的”歪主意“，如今我们稍稍动手就把长江拦截，意念之中就把黄河驯服成了一头听话的小绵羊，我们不得不赞叹现代人的伟大，科技发展虽不能改天，但能换地。
京杭大运河是世界工程史上奇迹，沟通了海河、黄河、淮河、长江、钱塘江五大水系，形成了古代水上“一纵五横”的交通网络，为南北经济发展起到了促进作用。
地理纵横
- 影响：京杭运河一向为历代漕运要道，对南北经济和文化交流曾起到重大作用。
- 京杭人运河的开凿，可追溯到春秋战国时代。当时吴王阖闾为了向西扩张势力范围，下令开凿自太湖直达长江的胥溪。
- 早在2400多年前，吴国为北伐齐国争霸中原，在江苏扬州附近开凿了一条引长江水入淮的运河（称邗沟），以后在这基础上不断向北向南发展、延长尤其经隋朝和元朝二次大规模的扩展和整治，基本上完成了今日京杭运河的规模。京杭运河的许多河段是利用原来的天然河流和湖泊，部分河段是人工开挖的，运河水流主要从沟通的天然河道中得到补给。
