康熙六年（1667年）由於江南省規模和實力過大，分設江南江蘇省和江南安徽省，後逐漸簡稱江蘇省和安徽省。
江蘇省下轄江寧府（今南京）、蘇州府、淮安府、揚州府、徐州府、通州府、常州府、鎮江府、松江府(今上海市）。
清雍正二年（1724年），蘇州府的大部分縣份都因人口、賦稅繁多，而一分為二：分長洲縣南部設元和縣；從常熟縣分出昭文縣；從吳江縣分出震澤縣；從崑山縣分出新陽縣。屆此，蘇州府共下轄吳縣、長洲、元和、崑山、新陽、常熟、昭文、吳江、震澤、共9縣；太湖1散廳。轄區範圍基本上相當於今日蘇州市轄境以及上海市蘇州河以北各區。
蘇州府城內更是衙門林立——
一、江蘇巡撫院署 江蘇省級地方政府長官，總攬一省民政、軍事、吏治、刑獄等；
二、江蘇布政使署 管轄蘇州、松江、常州、鎮江四府和太倉州；
三、江蘇按察使署 主持一省司法讞獄；
四、蘇州府署 掌一府之政令，總領各屬縣，凡宣佈國家政令、治理百姓，審決訟案，稽察奸宄，考核屬吏，徵收賦稅等一切政務皆為其職責；
五、蘇州織造署 為皇室督造和採辦綢緞的皇商衙門；
六、吳縣縣署 掌一縣之政令；
七、長洲縣署 掌一縣之政令；
八、元和縣署 掌一縣之政令；
蘇州城內同時有三個縣的縣衙，創當時全國最高紀錄。
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