普寧市地域在漢時屬南海郡揭陽縣，東晉咸和六年（331）屬東官郡潮陽縣。明嘉靖四十二年（1563）正月，朝廷決定從廣東省潮州府潮陽縣分出洋烏、水、黃坑三個都的地域新置普寧縣，面積約1000平方公里。嘉靖四十四年（1565）第一任知縣趙鉞到任，縣署寄設在潮陽縣貴嶼的民舍。萬曆十年（1582），洋烏、水兩都劃屬潮陽縣，普寧縣僅存黃坑都，分上、中、下社，面積456平方公里。萬曆十四年（1586）縣治遷於厚嶼（洪陽）。
清雍正十年（1732）六月，朝廷批准將潮陽縣水都l70個村、貴山都西半部93個村、洋烏都尾段45個村劃歸普寧縣，連同原黃坑都357個村，普寧轄地約1052.25平方公里。
1935年10月1日，廣東省政府劃普寧縣大南山41個村，面積共132.75平方公里屬南山管理局（縣級），普寧縣面積為919.50平方公里。
1949年7月1日，普寧縣人民政府成立，定縣城於流沙。1950年3月15 日，廣東省人民政府作區域調整：將惠來縣的南陽山區和陸豐縣的大坪鄉等505個村、南山管理局的錫坑鄉、揭陽縣的九鬥、烏石村等地劃歸普寧縣。是年6月，將普寧縣的考溪、日路兩個村和棉湖東關橋、新寨等劃歸揭陽縣；將普寧縣的貴嶼貴玉鄉、南安鄉和石橋頭西鄉及軍埠村劃歸潮陽縣。
1958年5月，廣東省人民委員會決定，將潮陽縣的大長隴鄉（山柄村外）、陳店鄉的石港、浮嶼村和石船鄉的碗仔、百吉嶺、白馬柯、洋下、白沙溪、嶺尾、打古潭、望嶺、龍潭等村劃歸普寧縣。1958年12月，惠來縣的惠城、隆江、葵潭等人民公社併入普寧縣。1961年3月，惠來縣恢復建制，原惠來縣上述人民公社析回。
1975年2月，汕頭地區革命委員會決定，將普寧縣的貢山、湖西、四鄉等3個村劃歸揭西縣，普寧縣面積為1591.55平方公里。
普寧縣於明、清時期隸屬廣東省潮州府。中華民國時期先後屬潮循道、廣東省東江行政區、廣東省第五行政區。中華人民共和國成立後先後隸屬廣東省潮汕專區、粵東行政區、汕頭專區、汕頭地區、汕頭市、揭陽市。
1993年4月6日，中華人民共和國國務院批准，民政部批覆，撤銷普寧縣，設立普寧市（縣級），以原普寧縣的行政區域為普寧市的行政區域，由廣東省直轄、廣東省人民政府委託揭陽市代管。經1993年土地詳查和2000年廣東省勘界，普寧市與周邊縣、市、區邊界劃定，全市土地面積為1620平方公里。
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