廣明元年秋，黃巢率軍60萬從容地從採石渡江，再渡淮水，進入河南，直向東都洛陽挺進。十一月，起義軍攻破洛陽，兵指潼關。十二月，皇帝逃奔成都，黃巢率大軍進入長安，居民夾道聚觀。大將尚讓向居民宣告：
“黃王起兵，本為百姓，非如李氏不愛汝曹，汝曹但安居無恐”。黃巢進入長安後稱帝，國號大齊，年號金統，任命尚讓為宰相，詩人皮日休為翰林學士，派遣朱溫駐守同州，拱衛長安。又規定唐朝官吏三品以上者停職，四品以下者留任。
農民政權在長安的正式建立，標誌著起義軍取得了巨大勝利。起義軍長期以來只是流動作戰沒有建設根據地的計劃，這種流寇主義使黃巢義軍僅在長安呆了不到二年半的光景。流動作戰在-定時期之內是合理的和必要的，它使義軍處於主動地位，可是義軍在進軍長安途中，仍是得地不守，甚至連東都洛陽也輕易放棄，結果進入長安後，外地重新被唐王朝和藩鎮佔據，長安變成一座孤城。此時，起義軍又株守一地，不向四周發展，以致所控制的地區僅限於長安附近。
起義軍對生產及運輸也無所籌劃，幾十萬大軍雲集長安，沒有兵餉，米價漲到每鬥3萬文。超過平常米價幾百倍。起義軍也不乘勝向四川方面追擊徹底消滅唐朝中央政府，使之得以喘息。唐僖宗則在四川命令各藩鎮攻擊起義軍。從前各藩鎮同唐朝中央有矛盾，不聽從唐朝中央的約束；現在各藩鎮為了對付起義軍，則紛紛接受唐僖宗的命令，從四面包圍長安。
唐僖宗又請來沙陀族李克用兇悍善戰的騎兵隊。起義軍四面受敵，在這關鍵時刻，中和二年,鎮守同州的朱溫又投降唐朝，從內部瓦解了起義軍的戰鬥力。由此種種原因，到中和三年，黃巢只得退出長安，經蘭田東走河南。在河南，黃巢又犯了一個戰略錯誤，領兵攻打陳州300天，失掉了及時向有利地區轉移的機會，唐王朝卻贏得了集中兵力的時間。
結果黃巢未能攻下陳州，反在中牟縣被李克用擊敗，損失慘重。黃巢敗走山東時部眾喪亡殆盡，終於在泰山狼虎谷（在今山東萊蕪境）自刎而死，時在中和四年夏。至此，轟轟烈烈的大起義失敗了。黃巢大起義雖然失敗了，但對社會歷史的發展起了巨大的推動作用。這次起義沉重地打擊了地主階級，徹底摧毀了士族地主勢力，改變了上地高度集中佔有的局面。詩人韋莊在《秦婦吟》裡說，“黃巢進入長安後，一時“天街踏盡公卿骨”。
就是說，許多來不及逃走的大官僚貴族，都被起義軍鎮壓了。士族地主勢力以及門閥制度、門閥觀念在中國封建歷史上的衰微，是黃巢起義的結果，也是唐末農民起義的偉大功績。這次起義從根本上動搖了唐王朝的統治。起義軍從幾千人發展到幾十萬人，橫掃大半個中國，佔領了唐王朝的統治中心長安，這給唐王朝的打擊是致命的。黃巢起義失敗後，唐王朝已名存實亡，表面上存在了23年，實際上只是空名，全然不能管領藩鎮，政令不出長安。
最後，唐皇被宣武節度使朱溫所制。公元907年，朱溫廢掉唐昭宗李曄，自立為帝，國號梁，唐朝滅亡。這次起義中農民領袖官號的稱謂，反映了農民階級的均平思想，如王仙芝自稱“天補平均大將軍”，黃巢自稱“沖天太保均平大將軍”，均平思想是當時封建社會的產物，表明了農民階級對土地高度集中和貧富不均的社會現象極度不滿。均平思想對封建社會中被壓迫階級的影響極大，宋代農民起義就明確提出了“均貧富“的口號。
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