南明的歷史眾說紛紜，因為有很多學問精湛又有良心的歷史學家在其中增添了太多的私貨，偏偏這些人粉絲眾多，他們的觀點還成了主流。關於馬士英的為人就是一個典型，黃宗羲作為劉宗周的弟子自然對他沒有任何好話，但南明烈士黃端伯卻認為馬士英是大大的忠臣，狠狠打了黃宗羲的臉。
黃端伯是南明的禮部主事，在南明剋扣官員工資時，他也只能哭挨度日。在大學士馬士英、王鐸、蔡奕琛、張有譽、錢謙益等大佬商量戰和事宜是，他也只有耳聞。但清軍進入南京城後，他是唯一以死抗爭的大臣。在他臨死前，多鐸給他設置了一個陷阱，故意問他馬士英是否是奸臣。黃烈士的回答是：“馬士英不肯投降，保護太后到浙江去自然是忠臣”，他還接著說錢謙益王鐸這些主動投降的坑貨才是真小人，隨後他被多鐸殺害。黃烈士寧死也要維護明朝的尊嚴，他也不是馬士英的親信，他的看法反映了當時很多人的看法，那就是就算馬士英混蛋，但至少他不是賣國賊。
如果在逃往浙江路上的馬士英聽到這番話，估計會生出知己的感覺。從1645年三月底開始，馬士英就始終是各派攻擊的重點，可以說怎麼做都是錯。先是左良玉和黃澍打著清君側的旗號放棄了武漢，讓長江中游一帶淪入清軍之手。馬士英為了自保派黃得功迎戰左良玉，這也成了後世攻擊他的罪名。揚州失守後，誅殺馬士英又成了南京城的政治正確。倒黴催的是投降派同樣有要拿他送禮的念頭，因為馬士英已經和弘光帝一樣上了清軍的黑名單。馬士英不得不調遣了三千老鄉黔兵入城，還讓其中的兩百名精銳夜晚進入府邸保護自己，最後馬士英也只能帶著400貴州鄉兵跑路。
按照傳統地說法馬士英是提前跑路，扔下了皇帝，只帶著太后跑路，東林黨人甚至宣稱馬士英讓自己老孃冒充太后（弘光帝母親），但馬士英的兒子馬鑾卻是弘光帝跑路時的重要頭目。黃宗周對此給出了另一種說法，那就是馬士英是和弘光皇帝一起跑的，至少弘光皇帝對馬士英還抱著信任態度。
弘光皇帝在清軍逼近南京城時已經對投降派各個大臣都持懷疑態度，甚至不得不同他們互飆演技，甚至對自己的貧賤之交王鐸也產生了懷疑（王鐸是實錘賣國，還羞辱了弘光帝），他跑路時對這些君子誰都沒通知。跑路後弘光帝卻任命馬鑾執掌8000名衛士，還讓馬士英帶著太后。弘光帝跑路時人馬比馬士英多，也不可能真的扔下自家老孃。馬士英至少是在五月十一日前還和弘光帝在一起，但在五月十一日的茅山出了意外。茅山鄉民以為弘光帝帶的御林軍是山賊，主動攻擊了弘光帝一行；而御林軍認為攻擊自己的是清軍亂成一團，也就是在慌亂中馬士英兒子馬鑾帶著八千士兵西行。而馬士英則帶著太后過獨松關，渡過餘杭抵達臨安。
在弘光帝被俘後，馬士英還參與了擁立璐王，最後死於抵抗清軍的戰鬥。馬士英這個人自私，但也真不是賣國賊，是一個自私但還算愛國的忠臣，至少這是弘光帝和烈士都認可的。
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