氣機升降的基本形式是陰升、陽降、陰出、陽入，併為以中土為樞軸，火、金、水、木為輪周的協調運轉所體現。人體生理和病理狀態，是氣機升降正常和異常的反映。因此，對《傷寒論》六經病的病機就可用這一理論為指導加以探討。
一、太陽病是營衛出入之機的失調
太陽病主要指表證。周學海在《讀醫隨筆》中說：“外應皮毛，協營衛而主一身之表者，為太陽膀胱之氣。”因此，首先應明瞭營衛出入之機。營在脈中為陰，衛在脈外為陽，營衛要協調，應當營出而衛入。如果營在內而不出，衛在外而不入，就是營衛不和，從而導致太陽病。
太陽中風，是病人外感風寒之邪而以風邪為主，風性主散，衛氣外趨，不能固守營陰，營陰從衛氣疏漏之處外洩，故發熱惡風而必汗出。太陽傷寒，是病人外感風寒之邪而以寒邪為主，寒主收引，營衛之氣鬱閉，衛氣不得內入，營陰不得外達，故發熱惡寒而必無汗。
上述二證皆當調和營衛。對營衛相離因衛氣外趨者，當引衛入營，以桂枝湯治療。對營衛相離因營衛鬱閉者，當發表散寒，以麻黃湯治療。
二、陽明病是陽土之氣的不降
“胃家實”是陽明病的病機。胃氣以息息下行為順，故“胃家實”即胃氣因實邪阻滯而不降。胃為陽土，其氣不降，多呈陽熱之氣亢而向上，向外之象。如胃熱瀰漫於陽明之經，充斥於表裡內外，見高熱、煩渴、大汗出、脈洪大等症，為陽明經證；如燥熱相結，成燥屎阻結於胃腸，府氣不降，見潮熱、不大便、譫語、小便數、腹脹滿、繞臍痛、脈沉實等症，為陽明府證。不論經證、府證，皆屬陽土之氣不降。
本證即因胃氣不降而約束脾氣不升，故稱為“脾約”證；但病本在胃，故列入陽明病。脾為胃行其津液，可將水谷精微上輸於肺，再佈於全身。今脾氣不升，則胃中水谷津液逕由小腸偏滲膀胱，故小便數；津液亦不能還入胃中，故大便硬不得緩解。津液偏滲亦使脾臟自身陰液虧乏，故趺陽脈既因胃氣不降而脈浮，復因脾氣不升、脾陰不足而脈澀。胃氣不降是病態的亢奮，故曰“浮則胃氣強”；脾氣不升而津液偏滲，故曰“澀則小便數”；究其原因是胃強不降致脾弱不升，故曰“浮澀相搏，大便則硬，其脾為約”。可見，仲景在陽明篇論述脾約，是使讀者體會脾胃在氣機升降中的內在聯繫。
三、少陽病是氣機升降道路的不暢
周學海在《讀醫隨筆》中說，“通行內外，應腠理而主一身之半表半里者，為少陽三焦之氣。”對少陽病，不應僅僅理解為膽病，更主要的是三焦病。
《金匱要略》說：“腠者，是三焦通會元真之處，為血氣所注；理者，是皮膚臟腑之文理也。”“凡在內的臟器，在外的皮、肉、脈、筋、骨，其中組織間隙，皆三焦通會元真之處，而為少陽所主，故章虛谷說：“凡表裡之氣莫不由三焦升降出入。”三焦為氣、水之通道，邪入少陽，氣機升降道路壅塞，必須表現陰出陽入與陰昇陽降的失常。
四、太陰病是陰土之氣的不升
就《傷寒論》而言，太陰病以“脾家”即脾臟的病變為主。太陰病提綱雲：“太陰之為病，腹滿而吐，食不下，自利益甚，時腹自痛，若下之，必胸下結硬。”其中最重要的症狀是自利。“自利益甚”是言腹滿而吐，食不下等一系列症狀，每隨下利之甚而愈如嚴重，足見下利是左右太陰病全局、決定病情發展變化的關鍵。所以，條文重申：“自利不渴者，屬太陰，以其髒有寒故也。”由此推知，即使腹滿而吐，食不下，但無自利一症，則是否屬太陰虛寒證尚應斟酌。
就臨床所見，腹滿而吐，食不下，有屬脾與屬胃的不同，如陽明府實怔就有這類症狀。兩者除從這類症狀的自身特點加以區別外，就是以是否兼見下利，並伴隨下利而加重為辨證要點。此因脾為陰土，其氣當升，脾氣不升，則清氣下陷，故《素問·陰陽應象大論》說：“清氣在下，則生飧洩。”脾胃同居中土，為氣機升降的樞軸，脾土之氣不從左升，則胃土之氣亦不從右降，其理與胃土之氣不降而後脾土之氣不升相同。所以，太陰虛寒下利多伴腹滿而吐，食不下的胃氣不降之症，《素問·陰陽應象大論》所謂“濁氣在上，則生?脹”即指胃氣不降。《靈樞·陰陽清濁》篇說“陰清而陽濁”，胃為陽土，陽土之氣不降，故曰濁氣在上。
五、少陰病是水火升降的失常
心屬火，腎屬水，水升火降是維持人體陰陽平衡的根本。少陰病就是心腎水火升降的失常。其原因雖因水中之水火與火中之水火的偏盛偏衰，但本質上無非火衰與水衰兩方面，其水盛或火盛是在火衰或水衰的基礎上繼發，故少陰病不外陽虛寒化證與陰虛熱化證兩種類型。
少陰寒化證，是由心腎陽衰，特別是腎陽衰微所致。“下焦虛有寒，不能制水”是其基本病機。腎陽衰微，不能蒸騰腎水以達於上、達於外，則在下出現下利，小便色白”，在上出現口渴，故曰“虛故引水自救，若小便色白者，少陰病形悉具。”失此不治，在下阻凝不化，在上、在外陰液更為缺乏，則在上、在外的陽氣由於失去陰液的攜戀而不能下、不能入，反而上浮、外越，形成戴陽證、格陽證。
少陰熱化證，是由腎水虧虛，不能上濟心火，且心血不足，不能攜戀心火下行所致。心火上炎，神不守舍，陽不入陰，故“心中煩，不得臥”。治此當補腎水，養心血為主，佐清心降火之品，方用黃連阿膠湯。方中阿膠、白芍補陰養血，黃芩、黃連清心降火，更有雞子黃滋養陰血，從中焦斡旋，發揮媒介作用，於是水升火降，諸症即愈。
六、厥陰病是氣血升降的逆亂
厥陰病有寒證、熱證，特別是有寒熱錯雜證。探討這些證候產生的原因，是《傷寒論》研究中的重要課題。
本證下寒是本，陰血不足所致上熱是由陽氣虛衰繼發而來，因而是標。治病求本，故應以溫下寒為主。但陰液不足，單溫下寒又恐更耗陰血，故應補陰、滋陰、堅陰。此時標熱不除，又會下吸腎水，故又應清其上熱。所以，總的治則應是溫下寒、清上熱、滋陰血。烏梅丸辛升、苦降、酸滋，三法合和成方，可供臨床治療這類證候時組方的參考。
厥陰寒證，有肝氣虛、肝陽不足、濁陰上逆的吳茱萸湯證，又有血虛寒凝的當歸四逆湯證。一偏在氣，一偏在血：一偏在經脈，一偏在血脈。厥陰寒證亦有“下利清谷，裡寒外熱，汗出而厥”者，治同少陰格陽證。
厥陰熱證，或因肝氣鬱久化熱，或因陽復太過，皆易灼傷營血，上為咽痛喉痺，下為下利便膿血。
可見，厥陰病不論寒證、熱證、寒熱錯雜證，皆屬氣血升降不調而引起的氣機逆亂。
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