非法证据排除规则所针对的是侦查行为取证的合法性。对非法证据进行排除后，被排除的证据将不得在庭审中展示，更不能质证、认证以及作为定案的根据。可以说，这一规则是对侦查行为所取证据、控方所举证据最为严厉的惩罚；而对被告人一方，无疑是非常有利的。
在具体操作层面，非法证据排除可以在刑事诉讼过程中的三个阶段进行：
一是检察阶段。这一阶段又分为批捕和审查起诉两个环节。在批捕环节，检察机关发现侦查机关所取证据存在违法行为的，可以责令其予以纠正，并不得将非法证据作为批准逮捕的依据，乃至作出不予批准逮捕的决定。在审查起诉环节发现非法证据的，除了责令侦查机关予以纠正外，还可以主动将非法证据予以排除，使之在案件移送至法院之前就被清理掉。可见，这一阶段主要是检察机关依职权主动进行的。
二是庭前会议阶段。根据最高人民法院发布的《人民法院办理刑事案件庭前会议规程（试行）》规定，适用普通程序审理的刑事案件，法院可以决定在开庭审理前召开庭前会议。庭前会议中，被告人及其辩护人可以申请排除非法证据，但应提供相关的线索和材料，检察机关应当就证据的合法性作出说明。如果双方达成一致意见，则可以排除非法证据；如果未能达成一致意见，则该争议问题就会进入庭审阶段展开法庭调查。
三是庭审阶段。庭前会议的目的，是为了将有关程序性事项在庭审前就进行解决，以便庭审时能够集中精力审理案件的实体方面。对排除非法证据存在争议的，应当在庭审中进行解决。但根据庭前会议规程规定，公诉人提供的证据材料确实、充分，能够排除非法取证情形，且没有新的线索或者材料表明可能存在非法取证的，庭审调查举证、质证可以简化。
此外，如果被告人及其辩护人在庭前会议阶段未提出申请排除非法证据，如果有新的证据证实可能存在非法证据情形的，也可以在庭审阶段提出。否则，庭前会议阶段未提出的，庭审时应不得再提出。
后两个阶段的非法证据排除，一般都是法院依申请进行的，即根据被告人及其辩护人的申请来启动该程序。但法院在审理案件时发现有证据可能系非法方式取得的，也可以依职权予以排除，对此刑诉法并未加以限制。
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