微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠其含有的大量有益微生物的生命活動代謝來完成。因此，其施肥方面有別於其他有機肥和無機肥。要想提高微生物菌劑的使用效果，必須注意以下6點：
一是瞭解微生物菌劑的生產日期、使用量、用法等有關資料，在有效期期內施用，因其含有的菌是活體，過一定時間會死亡失去作用。產品一般有效期為1-2年，4年後其菌種的休眠狀態可能被破壞。貯存時要避光、通風、乾燥。
二是要了解微生物肥料的作用，適用作物用及施用技術，如根瘤菌用於豆科作物共生固氮，豆科作物不同品種又有不同的根瘤菌肥。
三是提倡“早、近、勻”的施用技術。即施用時間要“早”，一般作基肥、種肥與苗肥施用；微生物肥料不是速效肥，即使生長期施用，也應在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7-10天施用，效果最佳。施入地點離作物根系要“近”，便於微生物分解土壤中的元素被作物吸收利用。種子與苗肥要拌“勻”；也可以拌種、浸種。
四是提倡與有機肥混施，可以提高施用效果。每1公斤固態微生物肥料與40—60公斤充分腐熟的有機肥混合均勻後使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。對於已多年施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減少化肥和有機肥的施用量，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代化肥不能一下子適應。因此，其取代量應做到第一、第二、第三年分別取代30%、40%和60%，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
五是避免陽光長時間直射，施後及時覆土。施用菌肥的最佳溫度是25-37攝氏度，低於5攝氏度，高於45攝氏度，施用效果較差。對高溫、低溫、乾旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適溼度土壤的含水量是60%-70%。
對含硫高的土壤和鏽水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對於翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果會好些。
六是不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥(如硫酸鉀等)以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥，很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時後，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混肥，以免影響肥效。
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