微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠其含有的大量有益微生物的生命活动代谢来完成。因此，其施肥方面有别于其他有机肥和无机肥。要想提高微生物菌剂的使用效果，必须注意以下6点：
一是了解微生物菌剂的生产日期、使用量、用法等有关资料，在有效期期内施用，因其含有的菌是活体，过一定时间会死亡失去作用。产品一般有效期为1-2年，4年后其菌种的休眠状态可能被破坏。贮存时要避光、通风、干燥。
二是要了解微生物肥料的作用，适用作物用及施用技术，如根瘤菌用于豆科作物共生固氮，豆科作物不同品种又有不同的根瘤菌肥。
三是提倡“早、近、匀”的施用技术。即施用时间要“早”，一般作基肥、种肥与苗肥施用；微生物肥料不是速效肥，即使生长期施用，也应在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用，效果最佳。施入地点离作物根系要“近”，便于微生物分解土壤中的元素被作物吸收利用。种子与苗肥要拌“匀”；也可以拌种、浸种。
四是提倡与有机肥混施，可以提高施用效果。每1公斤固态微生物肥料与40—60公斤充分腐熟的有机肥混合均匀后使用，可做基肥、追肥和育苗肥用。对于已多年施用化肥的田块，施用生物菌肥时不能大量减少化肥和有机肥的施用量，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代化肥不能一下子适应。因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30%、40%和60%，磷、钾肥只能补足，不能减少。
五是避免阳光长时间直射，施后及时覆土。施用菌肥的最佳温度是25-37摄氏度，低于5摄氏度，高于45摄氏度，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌最适湿度土壤的含水量是60%-70%。
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，因为硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，一般不用撒施，用喷雾的方法效果会好些。
六是不应将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用，因为这些药、肥，很容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。还应防止与未腐熟的农家肥混肥，以免影响肥效。
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