我們可以利用微生物發酵產生的糖化酶、蛋白酶等水解酶分解富含有機質的原材料，如各種農作物的秸稈、果枝、木屑、糖渣、藥渣、稻殼及各種農副產品廢棄物等，通過發酵製作成優質菌肥。在此，我對發酵製作有機肥的關鍵因素---微生物做一介紹。
對富含有機物的物料進行發酵，可分為好氧性發酵和厭氧性發酵兩類。
1、好氧性發酵。
指的是由利用空氣或者水中游離的氧氣進行繁殖的好氧性微生物進行的發酵類型。
在好氧條件下，
澱粉在澱粉酶的作用下轉化成為麥芽糖，再在麥芽糖酶的作用下，轉化成葡萄糖，進而轉化成酒精和醋酸，最終變成二氧化碳和水，放出大量能量。
對於蛋白質，是在蛋白酶的作用下轉化成氨基酸，進而轉化成硝酸鹽；
對於脂肪，是在酯酶的作用下，轉化成甘油和脂肪酸，進而氧化分解成二氧化碳和水；
對於纖維素、半纖維素和多糖，則在纖維素分解酶的作用下，轉化成多糖、低分子糖或有機酸，進而最終分解轉化成二氧化碳和水。
好氧性發酵屬於氧化過程，發酵溫度高，一般可達55-60度，有時可達70度以上。
此方式發酵產生的熱量大，物質轉化快，所以，利用好氧性微生物所製造的有機肥料稱為高溫堆肥。
由好氧性菌漚制的高溫堆肥生成的腐殖質呈中性，對培肥土壤十分有利
但在發酵時要注意，嚴防過度發酵導致養分的損失。
2、厭氧性發酵
指的是在缺氧狀態下，由厭氧性發酵微生物參與的發酵類型。
它是通過奪取氧化物中的氧進行呼吸的微生物種類。
在厭氧條件下，
對於澱粉，被轉化成乳酸，進而轉化成甲烷等氣體；
對於蛋白質類物質被還原成氨基酸、氨態氮、吲哚，最終轉化成硫化氫等氣體。
厭氧性發酵生產的肥料中的腐殖質呈酸性，酸性的腐殖質是由氫離子與木質素、蛋白質複合體構成的絡合物，若使用不當，可使耕作層土壤酸性化，造成地力下降。
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