如果所有案件均事实清楚、证据充分，那么司法就可以等同于刑罚，成为一种简单的程序性定量活动。但事实显然并非如此，在大多数案件中，需要对客观事实进行事后还原，由于时空已经变换，行为已经发生，证据很可能已经灭失，当事人又往往各执一词，
很多案件的真相已经实质上不可知，犹如踏雪无痕，雁过无声。但裁判者的职责和社会生活需要要求他们必须对所有案件做出明确判决，不能模棱两可，也不能拖而不决。由此便带来了困扰，从依靠神力、巫术判决，到依靠个人智慧、经验判决，再到形成一些基本处理原则，裁判者们想出了种种办法来帮助自己解决这种困扰，某种程度上说，裁判者们探究真伪不明案件解决途径的历史，就是人类审判活动发展的历史。
18世纪，贝卡利亚在《论犯罪与刑罚》这本经典著作中对这一困扰提出解决思路，第一次较为系统的提出了无罪推定的概念，认为有一定证据，但证据又不充分情况下，应当认为犯罪嫌疑人无罪。但他在支持无罪推定的同时又给出了一个所谓“中间方案”，即总体上支持无罪推定，但在“影响国家稳定的严重暴力犯罪”上并不适用无罪推定，而应驱逐出境。这是不是自相矛盾？
有人曾对“中间方案”进行过深刻的批判，认为“中间方案”无论是在逻辑上，还是在法理上都站不住脚，不符合现代司法理念，是对无罪推定论的异化。但我认为，其所批判的“中间方案”和贝卡利亚提出的“中间方案”并不完全等同。批判观点是站在自然法学派角度从整体上进行的纯法理分析，而贝卡利亚是站在实证主义角度为难决的“影响国家稳定的严重暴力犯罪”提供一种现实解决。
应当看到，贝卡利亚的“中间方案”适用具有很高的限制条件，只能适用于“影响国家稳定的严重暴力犯罪”这一情况下。贝卡利亚整体上是一个完全的无罪推定论者，但是作为一个负责的实证主义法学家，其也必须为适用无罪推定而可能产生的副作用找到解决策略。
贝卡利亚的矛盾引出一个值得思考的问题，即“无罪推定论”究竟是一个简单的、普适的原则，还是一套复杂的、多层次的标准体系？
在贝卡利亚提出“无罪推定论”200多年前，我国明朝的海瑞也对存疑案件的处理提出了他的解决方案。海瑞认为，约有20%-30%的案件双方的证据和论证难分高下，无论判决何方胜诉，法理上都不为错，约有10%的案件，由于没有或者缺乏证据，完全无法决断。据此海瑞提出“差别保护”原则，认为在经济资产上应当弱势保护，文化资产上应该优势保护。（参见陈义钟主编《兴革条例》，《海瑞集》）这与贝卡利亚的观点具有同样的考虑，即在存疑案件的处理上，必须分情况、分类型，不能一条标准用到底，要具体问题具体分析。海瑞与贝卡利亚的这种默契，绝不仅仅是巧合。
因此我认为，科学的“无罪推定论”是一套复杂的理论，至少但不限于下列3个层次的内容：一是何种案件可以直接适用无罪推定；二是在有罪和无罪之间，裁判的结论是否有第三种选择；三是在第三种选择下，嫌疑人应不应当承担不利后果，承担什么样的不利后果。
将“无罪推定论”作为一项系统的理论体系加以研究，全面分析其适用的原则、范围、标准、程序、例外、效果等等，达到法律自身价值及其社会管理价值的统一，需要长期的探索，并在司法实践中反复检验。
正是从这一点出发，我国在立法时没有明确从证据裁判角度设立“疑罪从无”原则，而是仅从程序角度规定“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”
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