有的寺院，寺主（即最高負責人）是住持。
有的寺院，寺主是方丈。
有的寺院，既有住持，又有方丈。
住持和方丈到底有什麼不同？
住持，最開始是個動詞，意為「安住之、維持之」。見於《圓覺經》中：「一切如來，光嚴住持。」這句話的意思是佛安住在光明莊嚴的境界中，住持佛法。後來，住持引申代佛傳法、續佛慧命之人。
一般而言，住持有三個職責，即說法、安眾、修造，其他職務則另立八大班首等來執行，以保證寺院秩序的井井有條，四眾得以安心修行。
方丈，原來是個名詞，原指一丈四方之室，據《維摩詰經》載，身為菩薩的維摩詰居士，其臥室一丈見方，但卻能廣容大眾，為他們講經說法，因此，最初住持的居所稱之為「方丈」，後來直接指稱住持本人，從而變成了一種職務的稱謂。
再後來，寺院新任住持初入寺院繼承法務，必須舉行一定的儀式，稱為晉山式，晉即進的意思，山就是指寺院。因為住持在晉山時，必須升高座說法，所以又可以稱為「升座」。最初的「升座」儀式是比較簡單的，到了宋、元、明及近代叢林所實行的晉山式則漸趨於隆重複雜，很多大寺院才有能力去做。而大寺院的住持大多德性、說法與其他普通寺院的住持相比都極為出眾，慢慢的便有了住持「升座」後才能成為「方丈」的共識。
所以，簡言之，方丈是一個寺院的精神宗教領袖。
方丈也可以理解為「升級版」的住持，因為住持進行「升座」儀式之後才能成為方丈。
現代的住持和方丈還有如下區別：
1、方丈一般是接受傳法的和尚 ，有法卷可證明其傳承，住持則可以不必。
2、有方丈的叢林必須制度健全，人員、規模等都有一定的要求，而有住持的寺院則未必。
3、方丈往往具有一定影響力，如現在的方丈需要經省佛教協會批准、中國佛教協會備案，住持則不需要。
4、方丈可以兼任多個寺廟，而住持則不能，這是因為住持的資歷、修為、感化力可能還沒有達到成為方丈的程度。
寺院中除了方丈、住持之外，還有一些主要負責的職務和分工，如監院、維那等。
「監院」舊稱「監寺」、「院主」，是總領眾僧的職稱，一般俗稱為「當家」，是一寺之監督，負責協助方丈或監理寺院總務。從事這個職位因為責任重大，工作不輕鬆，方丈一般會禮請有威望有魄力的出家人來從事。
「維那」的「維」，指「綱維」，統理的意思。「那」是梵語的略譯，意譯授事，「綱維眾僧，曲盡調攝」，就是指授眾人做諸雜事，舊稱「寺護」，是寺中統理僧眾雜事的職僧。主要負責管理眾僧雜務，調和僧眾糾紛，辨別度牒真偽等。又負責僧眾紀律事務、負責宗教儀軌、佛事唱唸等。
此外，還有全寺接待事宜的知客，管理清規執行情況及僧眾威儀的僧值，管理來寺掛單僧侶的事務的寮元，幫助住持處理一些日常事務的衣缽，掌管寺內文書往來之事的書記等等。
雖然寺院設置了種種職位，但是虔心向佛的僧人們，注重的是內心的修行，他們考慮的是在修行中所取得的成就，而非職務的高低。
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