公元1363年，朱元璋擊敗陳友諒，取得鄱陽湖水戰的勝利，旗下水師主要由巢湖水師和元朝水軍投降而來，是明朝水師的前身。
洪武初年，明朝在首都南京城新江口設立水師營，造船四百艘，所轄沿江諸郡，上自九江、廣濟，下抵蘇州、泰州，中包安慶、太平。
洪武三年（1370年），“倭夷寇山東，轉掠溫、臺、明州傍海之民，遂寇福建沿海郡縣。”
明朝為了解決倭寇的侵擾，置水軍等二十四衛，每衛船五十艘，軍士三百五十人繕理，明朝水師正式成立。
洪武十七年（1384年），降明大將軍方國珍的侄子方鳴謙提出：
“倭海上來，則海上御之耳，請量地遠近置衛所，陸聚兵，水具戰艦，錯置其間，倭寇不得入，入亦不得登岸，則可制矣。”
建議獲得朱元璋的肯定，成為明初海防建設的基本思路。
洪武二十年（1387年），江夏侯周德興前往福建御倭，建立陸上衛所制度和海上水寨體系。
衛所制度是在重要的城鎮設立衛，在小道和孤立的關隘設立千戶所和百戶所。
統領5000人者為指揮使
領1000人者為千戶
領100人者為百戶
領50人者為總旗
領10人者為小旗
每衛下轄5個千戶所，共5600人，
每千戶下轄10個百戶所，共1120人，
每百戶下轄總旗2人、小旗10人、士兵100人，共112人。
水寨體系分為五寨：
烽火門水寨
小埕水寨
南日水寨
浯嶼水寨
銅山水寨
水寨是設立在島嶼上的防禦據點，多在江河出海口或海上航道交匯之處附近的島嶼上。
以水寨為中心，周圍約500裡範圍是其管轄的領地，稱為信地。水寨是明代海防的第一條防線，寨中有眾多房屋，供士兵居住，還可以供船隻停靠補給。
烽火門水寨共有官兵1000餘人，戰船45艘。
其中福船2艘，每艘船員56人
哨船1艘，船員36人
東船20艘，每艘船員34人
鳥船2艘，每艘船員18人
唬船20艘，每艘船員20人
衛所和水寨都是隸屬於中央的軍事機構，地方州縣並沒有調遣之權，為了增強地方政府的海防能力。
洪武二十六年（1390年），明朝建立了供地方政府調遣的民兵系統，由巡檢司來統轄：
“濱海衛所每百戶置船二艘，巡邏海上盜賊，巡檢司亦如之。”
洪武末年，明朝基本建立起了沿廣東到遼東，由衛所、水寨和巡檢司構成的海防體系。
明朝水師從建立到發展壯大的每一步都經歷了戰爭的洗禮。
生擒陳祖義
永樂三年（1405年），鄭和第一次下西洋，在馬六甲海峽遭遇盤踞在舊港一帶的海盜陳祖義，鄭和率領船隊大敗陳祖義，殺賊黨五千餘人，燒賊船十艘，一舉剿滅了舊港海盜集團。
此戰對南洋藩國影響深刻，諸夷聞之震懾，真天威也。
明朝在近海和遠海的軍事行動保障了朝貢貿易能夠順利進行。
“及臨外邦，藩王之不恭者，生擒之；
蠻寇之侵略者，剿滅之。”
屯門海戰
正德十六年（1521年），廣東海道副使汪鋐率領明朝水師擊退盤踞在屯門地區的葡萄牙殖民者，這是中國歷史上第一次對抗西方殖民者的海戰。
西草灣海戰
嘉靖元年（1522年），明軍在廣東新會西草灣再次擊敗葡萄牙海軍，並繳獲兩艘葡萄牙戰艦。
露梁海戰
萬曆二十七年（1598年），明朝與朝鮮聯軍在露梁海峽擊敗日本豐臣秀吉的軍隊，這是萬曆抗倭援朝最後一場大決戰，以明朝水師的勝利告終。
料羅灣海戰
崇禎六年（1633年），鄭芝龍率領的明朝水師在福建金門料羅灣與荷蘭東印度公司水軍展開激戰，明朝水師以絕對優勢擊敗了荷蘭艦隊。
明朝水師從艦隊規模、武器裝備和對周邊國家的威懾力都達到了中國歷史的巔峰，是當時全世界最強大的海上力量。
到崇禎末年，明朝水師雖逐漸勢微，但長江水師和東南水師加起來仍有十幾萬人，戰艦上千艘。
如果在朝鮮登陸，擁有近300年豐富作戰經驗的明朝水師擊敗沒有海上力量的清軍應該是意料之中的事。
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