現在，在養殖過程或黑底改良時，我們經常會用到微生物製劑，它對於分解有機質，改善黑底有比較好的作用。但是使用微生物製劑一定要選好菌種、講求正確使用方法、滿足微生物生長的其它條件一定要具備，只有以上三者同時滿足，我們才能取到更好的效果。
首先要選擇好菌種
作為底質改良時使用，優質的芽孢菌類有比較好的效果，只要選用品質比較好的菌類，正確使用，一般能取得一定的效果。
EM菌用於改水肥水有效，但對於底質改良，筆者不建議使用，一方面EM的種群優勢不明顯，因此使用效果受到的外界影響會更大，更難把握；同時其中的很多菌種在底部環境下的效果比較差，從而影響其整體使用效果。
噬弧菌是一種特異性病毒，原理是根據針對性感染讓弧菌死亡，但是其針對性太窄，作為改底使用顯然不是很合適，但作為南美白對蝦養殖中預防弧菌有一定效果。
硝化細菌在這裡我們不做過多說明，在這方面我們沒有過多研究，但是對於黑底改良而言，效果也不算太好。
正確的使用方法
我們這裡主要對芽孢桿菌的正確使用方法進行探討。
芽孢桿菌有水劑和粉劑兩種，水劑的使用簡單，直接使用即可，但是水劑的單位活菌數量沒有統一標準，同時菌的存活時間比較短，因此其使用比較受限制。
優質的粉劑主要由休眠芽孢組成，單位菌數量比較穩定（但各個廠家的單位菌種和實際數量差異比較大，這對實際使用效果有直接影響），同時由於休眠芽孢比較穩定，因此有效期比較長。但是芽孢菌發揮其作用，其只有經過充分活化，讓芽孢菌復甦並健壯並創造適宜條件後其才能更好的發揮降解有機質的作用。因此我們在實際使用芽孢菌時，一方面要用紅糖或飼料對其進行活化幾個小時，同時在使用時要為其發揮效果創造條件，比如細胞促長物質、溶解氧等。
芽孢桿菌的主要用途
可用於治療蝦塘黑底、海參圈黑底、蟹塘黑底、魚塘黑底等，可在前期水比較淺時直接活化後使用，或者在水比較深時用沸石粉吸附後，均勻撒入池塘底部，使用後注意增氧。
用於水質改良時，按正常劑量使用，能起到降解水中富營養物質，改善水體富營養狀態（瘦水）的功效，同時可間接的治療亞硝酸鹽超標的作用，這一功效在海參育苗等苗種繁育種反饋也比較好。
中水華峰魚病研究部在發現實際使用中芽孢菌還有另外一面功效，即低劑量使用，可起到肥水的功效。這一功效可用於常規肥水、殺藍藻後的肥水以抑制藍藻再生等。這個功效可能和胞外酶的分解作用有關，造成了芽孢菌的雙向調節水質的功效。
當然其還有通過種群優勢，抑制有害微生物的增殖的功效，在這裡我們不做過多探討，希望通過對微生態製劑的實際使用中出現的各種實際現象的闡述，對大家的實際使用有一定的啟發，幫助大家更合理的使用微生物製劑。
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