现在，在养殖过程或黑底改良时，我们经常会用到微生物制剂，它对于分解有机质，改善黑底有比较好的作用。但是使用微生物制剂一定要选好菌种、讲求正确使用方法、满足微生物生长的其它条件一定要具备，只有以上三者同时满足，我们才能取到更好的效果。
首先要选择好菌种
作为底质改良时使用，优质的芽孢菌类有比较好的效果，只要选用品质比较好的菌类，正确使用，一般能取得一定的效果。
EM菌用于改水肥水有效，但对于底质改良，笔者不建议使用，一方面EM的种群优势不明显，因此使用效果受到的外界影响会更大，更难把握；同时其中的很多菌种在底部环境下的效果比较差，从而影响其整体使用效果。
噬弧菌是一种特异性病毒，原理是根据针对性感染让弧菌死亡，但是其针对性太窄，作为改底使用显然不是很合适，但作为南美白对虾养殖中预防弧菌有一定效果。
硝化细菌在这里我们不做过多说明，在这方面我们没有过多研究，但是对于黑底改良而言，效果也不算太好。
正确的使用方法
我们这里主要对芽孢杆菌的正确使用方法进行探讨。
芽孢杆菌有水剂和粉剂两种，水剂的使用简单，直接使用即可，但是水剂的单位活菌数量没有统一标准，同时菌的存活时间比较短，因此其使用比较受限制。
优质的粉剂主要由休眠芽孢组成，单位菌数量比较稳定（但各个厂家的单位菌种和实际数量差异比较大，这对实际使用效果有直接影响），同时由于休眠芽孢比较稳定，因此有效期比较长。但是芽孢菌发挥其作用，其只有经过充分活化，让芽孢菌复苏并健壮并创造适宜条件后其才能更好的发挥降解有机质的作用。因此我们在实际使用芽孢菌时，一方面要用红糖或饲料对其进行活化几个小时，同时在使用时要为其发挥效果创造条件，比如细胞促长物质、溶解氧等。
芽孢杆菌的主要用途
可用于治疗虾塘黑底、海参圈黑底、蟹塘黑底、鱼塘黑底等，可在前期水比较浅时直接活化后使用，或者在水比较深时用沸石粉吸附后，均匀撒入池塘底部，使用后注意增氧。
用于水质改良时，按正常剂量使用，能起到降解水中富营养物质，改善水体富营养状态（瘦水）的功效，同时可间接的治疗亚硝酸盐超标的作用，这一功效在海参育苗等苗种繁育种反馈也比较好。
中水华峰鱼病研究部在发现实际使用中芽孢菌还有另外一面功效，即低剂量使用，可起到肥水的功效。这一功效可用于常规肥水、杀蓝藻后的肥水以抑制蓝藻再生等。这个功效可能和胞外酶的分解作用有关，造成了芽孢菌的双向调节水质的功效。
当然其还有通过种群优势，抑制有害微生物的增殖的功效，在这里我们不做过多探讨，希望通过对微生态制剂的实际使用中出现的各种实际现象的阐述，对大家的实际使用有一定的启发，帮助大家更合理的使用微生物制剂。
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