2016年5月1日起，纳税人销售不动产改征增值税了。增值税是价外税，转让不动产销售收入不含增值税；购进的不动产抵扣了进项税，则增值税税款不计入房产原值；开发房地产，购进的货物和服务的进项税额可以抵扣，计算土地增值税时增值税金不可以扣除，可见计算土地增值税的收入和扣除都和营业税时代有所不同。那么营改增后，43号文如何把握？给土地增值税带了哪些问题呢？存在哪些风险及如何应对？
下面我们以《土地增值税清算系统》中审核发现此类风险点的案例进行分析说明。
案例描述：
一般纳税人A房地产公司从B公司购入泵组设备一套，取得增值税专用发票，票面金额225,000.00元，其中进项税额32,692.28元。
纳税人A公司在进行土地增值税清算时，将含税金额225,000.00元整体录入到土地增值税清算系统中。
系统进行审核时，根据票据性质自动识别并出具“扣除项目中录有已抵扣的进项税”风险点，如下图示：
税务机关审核意见：
税务机关根据泰安协同软件土增清算系统出具的风险点，并结合金三系统核查该张发票的抵扣情况，经查实，纳税人已做了相关抵扣处理，该进项税额不得在土地增值税清算扣除项中扣除。
案例分析：
土地增值税清算时，纳税人录入增值税专票金额属于正常申报行为，进项税额也可以视情况进行录入，但案例中的纳税人对进项税已做了抵扣，根据43号文规定，已抵扣的进项税不能再作为土地增值税的税前扣除项。
政策依据：
国家税务总局关于营改增后契税 房产税 土地增值税 个人所得税计税依据问题的通知 财税[2016]43号
三、土地增值税纳税人转让房地产取得的收入为不含增值税收入。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》等规定的土地增值税扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
山东省地方税务局公告 2017年第5号
第三十二条 审核扣除项目是否符合下列要求：
（六）扣除项目涉及的增值税进项税额，允许在销项税额中计算抵扣的，不计入扣除项目，不允许在销项税额中计算抵扣的，可以计入扣除项目。
我们建议：
结合纳税人专票的录入情况及税务机关的审核情况，我们不难发现，进项税不能作为土增扣除项的重要依据之一就是“进项税已经进行了抵扣认证”。所以，纳税人进行土增清算申报时，为避免不必要的税务沟通，就不要再将已抵扣的进项税进行申报扣除了，因为税务局已能够通过土地增值税清算系统将此类风险进行准确识别
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