2016年5月1日起，納稅人銷售不動產改徵增值稅了。增值稅是價外稅，轉讓不動產銷售收入不含增值稅；購進的不動產抵扣了進項稅，則增值稅稅款不計入房產原值；開發房地產，購進的貨物和服務的進項稅額可以抵扣，計算土地增值稅時增值稅金不可以扣除，可見計算土地增值稅的收入和扣除都和營業稅時代有所不同。那麼營改增後，43號文如何把握？給土地增值稅帶了哪些問題呢？存在哪些風險及如何應對？
下面我們以《土地增值稅清算系統》中審核發現此類風險點的案例進行分析說明。
案例描述：
一般納稅人A房地產公司從B公司購入泵組設備一套，取得增值稅專用發票，票面金額225,000.00元，其中進項稅額32,692.28元。
納稅人A公司在進行土地增值稅清算時，將含稅金額225,000.00元整體錄入到土地增值稅清算系統中。
系統進行審核時，根據票據性質自動識別並出具“扣除項目中錄有已抵扣的進項稅”風險點，如下圖示：
稅務機關審核意見：
稅務機關根據泰安協同軟件土增清算系統出具的風險點，並結合金三系統核查該張發票的抵扣情況，經查實，納稅人已做了相關抵扣處理，該進項稅額不得在土地增值稅清算扣除項中扣除。
案例分析：
土地增值稅清算時，納稅人錄入增值稅專票金額屬於正常申報行為，進項稅額也可以視情況進行錄入，但案例中的納稅人對進項稅已做了抵扣，根據43號文規定，已抵扣的進項稅不能再作為土地增值稅的稅前扣除項。
政策依據：
國家稅務總局關於營改增後契稅 房產稅 土地增值稅 個人所得稅計稅依據問題的通知 財稅[2016]43號
三、土地增值稅納稅人轉讓房地產取得的收入為不含增值稅收入。
《中華人民共和國土地增值稅暫行條例》等規定的土地增值稅扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。
山東省地方稅務局公告 2017年第5號
第三十二條 審核扣除項目是否符合下列要求：
（六）扣除項目涉及的增值稅進項稅額，允許在銷項稅額中計算抵扣的，不計入扣除項目，不允許在銷項稅額中計算抵扣的，可以計入扣除項目。
我們建議：
結合納稅人專票的錄入情況及稅務機關的審核情況，我們不難發現，進項稅不能作為土增扣除項的重要依據之一就是“進項稅已經進行了抵扣認證”。所以，納稅人進行土增清算申報時，為避免不必要的稅務溝通，就不要再將已抵扣的進項稅進行申報扣除了，因為稅務局已能夠通過土地增值稅清算系統將此類風險進行準確識別
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