今天中國帶“京”的城市不多，碩果僅存的大約只有北京和南京兩座大城市了。元朝末年的1356年，元末農民起義領袖叫花子出身的窮和尚朱元璋攻佔集慶，改為應天府。1368年他以應天府為南京(京師)，建立明朝，南京成為當時大明王朝的政治、經濟和文化中心。明初作為京師的南京，修建了舉世矚目的明城牆，不僅是當時中國規模最大和人口最多的城市，而且也是當時全世界最大的城市。
遺憾的是朱元璋的“分封制”為大明埋下極大的隱患。1402年，朱元璋之子朱棣發動“靖難之役”攻佔南京，奪取侄兒建文帝朱允炆的帝位，朱棣就是明成祖。然而，朱棣篡位“名不正言不順”，遭時人世人詬病(大儒方孝儒不肯為朱棣效勞被朱棣“株連九族”)，朱棣的老巢又在北平，加之為防範退出中原地區的元朝蒙古殘餘勢力，1421年，朱棣遂決定正式遷都北京(在此之前已仿照當時的南京皇宮即今天稱之為明故宮的宮城宮殿建築群修建了北京的皇宮紫禁城即今天的北京故宮)，但其父朱元璋建立大明的南京並未因此廢除，相反，朱棣將南京改為“留都”並設置了南京六部等國家機構，這樣一來，明朝實際實行的是名副其實的“兩京制”，從此南京的“應天府”和北京的“順天府”也就順理成章的合稱為“兩京府”了。
儘管明成祖朱棣遷都北京，但是明代南京城仍然是當時世界上最大的首都，而且終明一朝，南京也一直是南方乃至全國的政治、經濟和文化中心(著名的《南都繁會圖》見證了南京留都曾經的繁華和地位)。即便到清朝時期，在北京仍然為京師的情況下，南京在南方乃至全國的地位仍然不可小覷。
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