康熙十二年（1673年），三藩之乱爆发，吴三桂等先后占领6省，烽火遍及13省。随之而来的是社会各阶层反清力量也趁势而起，形成了错综复杂的局面，并使这场旷日持久的战争赋予了民族矛盾色彩。为了平叛三藩之乱，朝廷所付出的代价是极其巨大的。
为了这次战争，朝廷动用全国一半多的兵力。据记载，清朝军队，八旗有22万，绿营有60余万，共计80余万。而用于三藩作战的兵力就达到了40多万。当时，守卫京城和宫禁的禁旅八旗也被调往南征，北京几乎就是一座空城，以致于平叛察哈尔布尔尼，不得不将八旗家奴派上战场。
历时八年的三藩之乱，也使得国库一度空虚，虽然没有准确的数字见于记载，但清廷投入的人力物力可想而知。仅康熙二十年末，出征将士自云南班师，康熙帝即下旨从户部拨出五百六十多万两银子，发还积欠的军饷。史书记载，孝庄文皇后为了节省开支，将后妃的首饰等物用来犒赏出征官兵。这足以表面当时清廷已处于财政拮据的困境。
关于清王朝取得平叛战争胜利的原因，向来是史学界热衷探讨的问题。魏源为此给出了四点理论依据：一则不蹈汉诛晁错之辙，归咎于首议撤藩之人；二则不从达拉喇嘛裂土罢兵苟且息事之请，力申天讨；三则不宽王贝勒养寇之罪，罚先行于亲贵；四则重用绿营将领，用汉人平定叛乱。
魏源所阐述的这四个原因确实是清王朝获胜的重要原因，但也还不够全面。如果从平叛战争的全过程来看，至少还有三点不可忽视：
第一，康熙帝平叛的决心和勇气
康熙皇帝作为最高统帅，其平定叛乱的决心和勇气无疑具有重要的意义。他的决心和勇气表现在两点，即魏源所说“不蹈汉诛晁错之辙”，“不从达拉喇嘛裂土罢兵苟且息事之请”，这是康熙面对严酷的形式而又众说纷纭所作出的重大抉择。如果康熙帝抉择出现了偏差，历史的结局就很难以清朝的胜利来结束这场战争。
第二，康熙帝用将的知人善任
按照以往的惯例，凡命将出征，大将军一般是由宗室诸王贝勒，再次也是满洲、蒙古、八旗都统，而绿营往往都是配角，多是以偏将随征。然而，在平定三藩中，康熙帝打破这一惯例，在西北战场，用满族大学士图海代宗室贝勒董额为大将军统率全军，打下平凉；在湖南，康熙帝又起用在闽浙崭露头角的勇将赖塔为西路大将军，并率先攻入云南。
而重用绿营将领，尤收事半功倍之效。清代八旗驻防要塞，绿营分镇各省，以绿营兵平定地方叛乱，一可以解决八旗兵力不足的矛盾，二可以利用绿营将领在地方的影响，并调动他们的积极性，形成“群策群力，同仇敌忾”的局面。事实证明，康熙重用绿营将领是明智的，一大批绿营将领在平定三藩中脱颖而出，如张勇、张良栋、王进宝、孙思克、姚启圣、施琅、李之芳等人。
第三，康熙制定了正确的作战方略
在平定三藩的战争中，康熙帝表现出很高的政治军事才能。他对各个战场的指挥，常常是先令前线将领提出意见，再命议政王大臣会议具奏，然后再根据反复讨论的意见，作出作战方略。由于康熙帝注意了解战场的实际情况，判断准确，因而能做到运筹帷幄，决战千里之外。
事实上，早在吴三桂起兵之时，其势头强劲，咄咄逼人，似有取代清王朝的迹象。可是，这位征战沙场数十年的老将最终还是败在了年少的康熙帝手里，究其原因，无非有三：
其一，吴三桂的失误
吴三桂起兵后有两点失误，一是未立大明之后。他在反清檄文中曾以复明为口号，声称要立明太子。可是他起兵之后便自食其言，失去了明朝遗老及复明势力的支持，从而失去了号召力。二是进兵犹豫不决，他攻下湖南后对形势错误估计，等待康熙妥协，以期划江而治。因此，他既没有挥兵北上，也未顺江东下，夺取江南财赋重地，失去了最佳的时机。
其二，三藩内部矛盾重重
耿精忠于郑经、吴三桂与尚之信、吴三桂与孙延龄、吴三桂部将方光琛与胡国柱、韩大任与高得捷，以及孙延龄与马雄等人，均在相互火并和倾轧中削弱了力量，并由此导致了耿精忠和尚之信的归清。
其三，经济实力的不足
三藩虽占据六省，但毕竟还是以一隅敌天下，且江南财富重地为清廷所有。因而，三藩在反清不到一年即出现了兵饷告急的情况，至康熙十七年以后，吴三桂的军队几乎失去了保障，只能靠抢劫维持生计了。
三藩之乱这场战争其实就是吴三桂和康熙帝的实力对决，不仅是军事、经济上的博弈，更是智慧与谋略的较量。从整个过程来看，吴三桂整体实力不如清朝，而且他本人相比较康熙帝而言，差距也很明显，这是康熙获胜而吴三桂落败的根本原因。
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