康熙十二年（1673年），三藩之亂爆發，吳三桂等先後佔領6省，烽火遍及13省。隨之而來的是社會各階層反清力量也趁勢而起，形成了錯綜複雜的局面，並使這場曠日持久的戰爭賦予了民族矛盾色彩。為了平叛三藩之亂，朝廷所付出的代價是極其巨大的。
為了這次戰爭，朝廷動用全國一半多的兵力。據記載，清朝軍隊，八旗有22萬，綠營有60餘萬，共計80餘萬。而用於三藩作戰的兵力就達到了40多萬。當時，守衛京城和宮禁的禁旅八旗也被調往南征，北京幾乎就是一座空城，以致於平叛察哈爾布爾尼，不得不將八旗家奴派上戰場。
歷時八年的三藩之亂，也使得國庫一度空虛，雖然沒有準確的數字見於記載，但清廷投入的人力物力可想而知。僅康熙二十年末，出征將士自雲南班師，康熙帝即下旨從戶部撥出五百六十多萬兩銀子，發還積欠的軍餉。史書記載，孝莊文皇后為了節省開支，將后妃的首飾等物用來犒賞出征官兵。這足以表面當時清廷已處於財政拮据的困境。
關於清王朝取得平叛戰爭勝利的原因，向來是史學界熱衷探討的問題。魏源為此給出了四點理論依據：一則不蹈漢誅晁錯之轍，歸咎於首議撤藩之人；二則不從達拉喇嘛裂土罷兵苟且息事之請，力申天討；三則不寬王貝勒養寇之罪，罰先行於親貴；四則重用綠營將領，用漢人平定叛亂。
魏源所闡述的這四個原因確實是清王朝獲勝的重要原因，但也還不夠全面。如果從平叛戰爭的全過程來看，至少還有三點不可忽視：
第一，康熙帝平叛的決心和勇氣
康熙皇帝作為最高統帥，其平定叛亂的決心和勇氣無疑具有重要的意義。他的決心和勇氣表現在兩點，即魏源所說“不蹈漢誅晁錯之轍”，“不從達拉喇嘛裂土罷兵苟且息事之請”，這是康熙面對嚴酷的形式而又眾說紛紜所作出的重大抉擇。如果康熙帝抉擇出現了偏差，歷史的結局就很難以清朝的勝利來結束這場戰爭。
第二，康熙帝用將的知人善任
按照以往的慣例，凡命將出徵，大將軍一般是由宗室諸王貝勒，再次也是滿洲、蒙古、八旗都統，而綠營往往都是配角，多是以偏將隨徵。然而，在平定三藩中，康熙帝打破這一慣例，在西北戰場，用滿族大學士圖海代宗室貝勒董額為大將軍統率全軍，打下平涼；在湖南，康熙帝又起用在閩浙嶄露頭角的勇將賴塔為西路大將軍，並率先攻入雲南。
而重用綠營將領，尤收事半功倍之效。清代八旗駐防要塞，綠營分鎮各省，以綠營兵平定地方叛亂，一可以解決八旗兵力不足的矛盾，二可以利用綠營將領在地方的影響，並調動他們的積極性，形成“群策群力，同仇敵愾”的局面。事實證明，康熙重用綠營將領是明智的，一大批綠營將領在平定三藩中脫穎而出，如張勇、張良棟、王進寶、孫思克、姚啟聖、施琅、李之芳等人。
第三，康熙制定了正確的作戰方略
在平定三藩的戰爭中，康熙帝表現出很高的政治軍事才能。他對各個戰場的指揮，常常是先令前線將領提出意見，再命議政王大臣會議具奏，然後再根據反覆討論的意見，作出作戰方略。由於康熙帝注意瞭解戰場的實際情況，判斷準確，因而能做到運籌帷幄，決戰千里之外。
事實上，早在吳三桂起兵之時，其勢頭強勁，咄咄逼人，似有取代清王朝的跡象。可是，這位征戰沙場數十年的老將最終還是敗在了年少的康熙帝手裡，究其原因，無非有三：
其一，吳三桂的失誤
吳三桂起兵後有兩點失誤，一是未立大明之後。他在反清檄文中曾以復明為口號，聲稱要立明太子。可是他起兵之後便自食其言，失去了明朝遺老及復明勢力的支持，從而失去了號召力。二是進兵猶豫不決，他攻下湖南後對形勢錯誤估計，等待康熙妥協，以期劃江而治。因此，他既沒有揮兵北上，也未順江東下，奪取江南財賦重地，失去了最佳的時機。
其二，三藩內部矛盾重重
耿精忠於鄭經、吳三桂與尚之信、吳三桂與孫延齡、吳三桂部將方光琛與胡國柱、韓大任與高得捷，以及孫延齡與馬雄等人，均在相互火併和傾軋中削弱了力量，並由此導致了耿精忠和尚之信的歸清。
其三，經濟實力的不足
三藩雖佔據六省，但畢竟還是以一隅敵天下，且江南財富重地為清廷所有。因而，三藩在反清不到一年即出現了兵餉告急的情況，至康熙十七年以後，吳三桂的軍隊幾乎失去了保障，只能靠搶劫維持生計了。
三藩之亂這場戰爭其實就是吳三桂和康熙帝的實力對決，不僅是軍事、經濟上的博弈，更是智慧與謀略的較量。從整個過程來看，吳三桂整體實力不如清朝，而且他本人相比較康熙帝而言，差距也很明顯，這是康熙獲勝而吳三桂落敗的根本原因。
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