1368年，朱元璋在南京稱帝，緊接著便派徐達北伐，最終攻克北京，元朝滅亡。但是元朝殘餘勢力並沒有被消滅，在明朝的兩百多年間，蒙古勢力一直伴隨明朝始終。韃靼和瓦剌便是蒙古殘餘勢力的代表，可以說在明朝勢力衰微時，這些蒙古人還可以長驅直入給明朝造成巨大損失。
按道理來說明朝在強盛之時，是有好多次機會消滅蒙古的，就以明成祖朱棣為例，他在位期間曾經先後五次遠征蒙古，狠狠打擊了蒙古的戰鬥力。但是，蒙古帝國就如打不死的小強，僅僅在朱棣遠征25年後，又興盛起來，不但侵擾明朝土地，甚至到了也先的時候還在土木堡俘虜皇帝明英宗，無數精兵強將在這次戰鬥中戰死。在長期的大大小小的戰爭中，明朝都沒有徹底征服蒙古。就這樣，蒙古帝國國祚傳到了第35任大汗林丹汗的手中，這也是蒙古最後一位大汗。
▲林丹汗
林丹汗繼位時，北方大草原的蒙古汗權不振已經很久了，漠南的科爾沁、等諸部各自為政，蒙古大汗只能支配察哈爾部，在漠南諸部奉僅僅是名義上的共主。漠北的外喀爾喀部落更是直接不承認蒙古大汗為共主，而漠西的部落卻與蒙古帝國為敵。處境可謂是非常兇險，另一方面，東北的女真族正在努爾哈赤的領導下逐漸走上統一與強盛之路。因此，林丹汗早年的處境非常艱難。但是，林丹汗很有野心，試圖恢復蒙古的統一，重建成吉思汗的霸業。
於是林丹汗開始猥瑣發育，先是在剛剛上位的10年中，迅速提高威望與實力，開始了統一蒙古部落步伐。不過，這個時候建州女真興起，努爾哈赤直接挑戰明王朝的權威，向大明這個龐然大物開戰。
面對這種錯綜複雜的形勢，林丹汗最好的方法是與明朝聯手抗擊努爾哈赤，這樣才會有更多的機會征服疾病纏身多年的明朝，但是林丹汗犯了一個錯誤，那就是他認為“攘外必先安內”，可問題是當時哪有那麼多的時間給他處理內部問題呢？
▲八旗軍
誰也沒想到，此時林丹汗居然被聰明的努爾哈赤挖了牆角，建州女真開始先後與一些蒙古部落通婚。林丹於是起了疑心，率軍征討科爾沁，導致蒙古內部戰爭開始。又因為是努爾哈赤挖的牆角，所以林丹汗也開始與努爾哈赤交戰。
可是此時的林丹汗又犯了個錯誤，那就是兩線作戰，在1628年六月，他率隊大舉入侵大同，殺死明朝軍民數萬人，差點攻佔大同城。
在這種情況下，林丹汗的做法反而促成了明朝和努爾哈赤的結盟，兩邊都決定夾擊攻打他。在這種情況下，蒙古怎麼可能禁得住兩邊的攻擊，於是在1631年，林丹汗開始西遷。 努爾哈赤的兒子皇太極看準這個機會，決定發動對林丹汗的決戰，林丹則一路向西狂奔，在向西逃亡的過程中，他的很多部眾不斷落隊，都先後投降了。因為沒有糧食，蒙古軍隊甚至出現了“殺人易食”的地步 ，在飢寒交迫，四面楚歌之中，林丹汗最終病逝了。1635年，林丹汗的遺孀們及兒子額哲投降，奉獻傳國玉璽，至此蒙古帝國才正式滅亡。
▲皇太極
明朝直至沒有滅亡也沒有徵服的蒙古帝國，最後在皇太極的打擊下正是滅亡。有人說，這是皇太極的運氣好，其實不然，主要是林丹汗的政策屢屢犯錯，這才給皇太極滅掉蒙古帝國的機會，當然明朝此時也沒有能力再發動遠征了，畢竟農民軍和清軍已經夠頭疼了，所以最終終結蒙古帝國的註定只有皇太極了。
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