- 一級學科國家重點學科
南京大學（8個）：中國語言文學、數學、物理學、化學、天文學、地質學、生物學、計算機科學與技術學。
浙江大學（14個）：數學、化學、機械工程、光學工程、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、控制科學與工程、電氣工程、土木工程、生物醫學工程、園藝學、農業資源利用、植物保護、管理科學與工程。
- 二級學科國家重點學科
南京大學（13個）：馬克思主義哲學、世界史、政治經濟學、企業管理、英語語言文學、社會學、情報學、微電子與固體電子學、環境科學、材料物理與化學、氣象學、自然地理學、外科學普外。
浙江大學（20個）：憲法學與行政法學、應用心理學、中國古典文獻學、理論物理、凝聚態物理、植物學、生物物理學、生態學、固體力學、通信與信息系統、計算機應用技術、化學工程、農業機械化工程、環境工程、作物遺傳育種、特種經濟動物飼養、內科學（傳染病）、兒科學、外科學（普外）、腫瘤學。
- 國家重點（培育）學科
南京大學（6個）：經濟法學、中國近現代史、世界經濟、環境工程、水文與水資源、大氣物理與大氣環境。
浙江大學（10個）：外國哲學、政治經濟學、計算機軟件與理論、生物化工、動物營養與飼料科學、病理學與病理生理學、婦產科學、眼科學、藥物分析學、農業經濟管理。
- 世界一流學科建設學科
南京大學（15個）：哲學、中國語言文學、外國語言文學、物理學、化學、天文學、大氣科學、地質學、生物學、材料科學與工程、計算機科學與技術、化學工程與技術、礦業工程、環境科學與工程、圖書情報與檔案管理。
浙江大學（18個）： 化學、生物學、生態學、機械工程、光學工程、材料科學與工程、電氣工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、農業工程、環境科學與工程、軟件工程、園藝學、植物保護、基礎醫學、藥學、管理科學與工程、農林經濟管理。
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