航空母艦同其他的船隻一樣，長期在海洋這種高鹽高溼的環境下航行會對船體產生比較大的傷害。海水一旦濺到船體以及甲板上，待海水乾燥後就會在船體和甲板表面結下吸水薄鹽層，它使船體和甲板表面長期處於潮溼狀態，同時進行腐蝕。這樣以來，航母尤其甲板這種關鍵部位的清洗工作尤為重要。
針對航母甲板的清潔專業術語稱為叫洗消作業，全程使用經過特殊加工處理的淡水沖洗甲板，用海水只會加劇船體甲板腐蝕。洗消作業是航空母艦生化武器和核武器防護的重要組成部分，除了淡水以外，航母在多數情況下會通過融入化學制劑的泡沫進行洗消。
現代航母的甲板等關鍵部位雖然都做了防腐處理，可上面的大部分設備，比如艦載戰鬥機拖車、艦載戰鬥機、武器彈藥等依舊難以抵禦海水腐蝕。
當然，在緊急情況下，比如甲板發生爆炸等重大事故外，此時淡水不夠用的話就可以用泵將大量的海水抽上去用作滅火清洗作業，第二次世界大戰時期，美軍和日軍航母經常這麼做。淡水一般對於航空母艦這種人員規模近乎小型城鎮的裝備而言是十分稀缺的資源，然而航空母艦又不能存放太多的淡水，因為時間長了會變質，滋生出許多有害微生物，影響艦員的身體健康。
現代絕大多數航空母艦或者其他軍用艦艇都裝備了能將海水變為淡水的裝置。比如英國皇家海軍的“伊麗莎白女王號”航空母艦為解決淡水供應問題，用了約一百萬英鎊為該艦打造了反滲透海水處理裝置，該裝置可以為航母每天提供540噸的淡水，完全可以滿足所有艦員的日常使用和洗消作業。
我國“遼寧”號航空母艦也有由中國自主研發的高效海水淡水化系統。我軍航母除了用淡水清洗甲板外，還用“普根酶生化洗消劑”進行洗消作業，這種洗消乃是水解酶，可以將有毒有害物質中的P-S /P-O/P-F/P-CN鍵完全溶解，使有毒有害物質中的大分子脫毒。這樣一來除了可以進行甲板洗消，該劑還能進行防核、生化武器作業。
美國海軍所有的核動力航空母艦都在使用蒸汽彈射器，該彈射器顧名思義，需要大量的淡水才能有效運作，因此美軍航母的淡水消耗量較其他國家的航母要高很多。
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