防治西瓜枯萎病最重要的措施是輪作換茬，一般要求輪作4--5年。重茬現象時有發生，輪作4--5年更是難以實現，因此加強重茬田(包括輪作年限不足的田塊)西瓜枯萎病的防治是奪取西瓜穩產保收的重要措施。
1、選用抗病品種
近年來，科研部門加強了西瓜抗病耐病品種的選育，可選用抗病蘇蜜、抗病蘇紅寶、京抗2號，京欣2號，鄭抗2號、鄭抗3號等抗病耐病品種。
2、種子消毒
播種前可採用溫湯浸種法：在55--60℃溫水中浸種20分鐘；可用貝多豐植物激活蛋白浸種，可解除帶病種子，提高整體出苗率，提高抗病抗重茬能力。
3、嫁接防病
西瓜枯萎病有明顯的寄主專化性，採用嫁接法防病效果顯著。西瓜嫁接常用的砧木有：瓠瓜、超豐F1、野生西瓜“勇士”南砧一號、葫蘆等。葫蘆砧和瓠瓜砧與西瓜嫁接親和性較好，嫁接苗成活率高。
4、土壤處理
育苗應選用韭菜地、非瓜田土，加肥料配成營養土，並用營養缽護根育苗。大田土壤要深翻曬壟，重茬田採用移溝法對陰陽土進行交換。酸性土壤可施用消石灰或噴灑石灰水。有西瓜枯萎病史的田塊播前用五氯硝基苯、多菌靈，敵克松殺菌劑噴灑瓜溝或將藥土施入播種穴，進行土壤消毒。
5、加強肥水管理
基肥要充分腐熟；不施用有病殘體的垃圾肥，增施有機肥和磷鉀肥。葉面噴施微肥能增強植株抗病性。可噴施貝多豐瓜類專用葉面肥，全面提高西瓜免疫力抗病能力。預防根部系列病害。抗重茬。苗期少澆水。追肥切忌傷根
。
6、藥劑防治
定植後結合澆定根水進行藥劑灌根。發病初期藥劑灌根。可用貝多豐細菌淨。哈茨木黴菌成分。以菌克菌。生物殺菌劑，安全。
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