水是菖蒲植株新陳代謝過程中的原料和介質。栽培植料基質中的營養元素只有溶於水，才能被菖蒲根系吸收，各種代謝產物也必須隨水轉運到菖蒲體內各部分。水能使菖蒲植株保持固有的形態。菖蒲細胞內只有含有大量水分，才能使細胞膨脹，植株挺立，便於接受光照和氣體交換，菖蒲一旦失水就會葉片開始先萎蔫。
水的種類有很多，比如雪水、雨水、井水、泉水、溪水、湖水、河水……還有自來水。判斷這些水適不適合菖蒲，主要考慮三點：第壹要軟水，硬水含有較多鹽類，長期使用不利於菖蒲生長；第二要中性或弱酸性，菖蒲喜歡弱酸性環境，堿性水就不太適合；第三要幹凈，菖蒲愛幹凈，水不能有汙染。
綜合考慮，天上的雪水雨水是極好的；地下的井水泉水也不錯，比如杭州虎跑泉水就屬於弱酸性的軟水；山中溪水是菖蒲孃家人，親著呢；湖水河水這些地表水就要註意了，如存在堿性或者汙染之類的問題，那就要慎用。
考慮到城市的實際情況，要單獨說說自來水，盡管不高大上，但勝在方便實用。自來水是中性水，由於融入了壹定的二氧化碳，壹般呈弱酸性，所以用來澆菖蒲還是很合適的，但是由於很多地方的自來水經過消毒處理，水中含有較多的氯，使用前最好靜置壹兩天。
菖蒲植株所需水分必須通過二條途徑才可以得到供給：一是靠根部吸收植料中的水分，通過維管輸送到菖蒲全體葉片；二是靠葉片吸收空氣中的溼度水分，以供菖蒲新陳代謝所需要。
在夏季水是起到調節菖蒲的體溫，水能導熱帶走植料的溫度，很好的調節菖蒲體溫和散髮熱量。使盆內有一個良好的清涼生態系統促進根部生長。給菖蒲澆水的具體方法有有三：灌，淋，浸！
「灌」就是用水壺沿盆邊注水，慢慢向根部靠近，看底部有水滲出，說明已澆透，此方法優點是水不會灌到葉片上，不會因為水而引起葉片腐爛，缺點是澆水速度慢，澆透需要慢慢的澆，有時需要來回幾個圈！
「淋」就是用噴壺或蓮蓬頭灑水，把整個養蒲環境都噴濕，讓水從土表滲到根部，濕潤蒲盆，此法的優點是水可澆透整個蒲盆，缺點是水易濺到葉片，要小心使用，否則會爛葉，特別對大草在空氣悶熱的時候，不要噴葉片、會引起葉片不透氣腐葉，而引起病菌。在溼度低通風良好的情況下噴灑葉片增加溼度，此方法甚好。
「浸」就是將蒲盆的四分之三連同植料一起浸入水中，我們經常有蒲友叫泡澡，優點是水可浸透，缺點是盆與盆之間容易傳播細菌，還不宜長時間浸泡，根部氧氣會得不到很好的替換！從而引起爛根！
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