光緒十七年（１８９１）二月二十六，北洋大臣、直隸總督李鴻章上書朝廷，請為已故工部尚書兼順天府尹潘祖蔭建立專祠。奏疏中，李鴻章說他自己“據實上聞”，要如實的反映寶坻民意。
潘祖蔭像
“據寶坻縣紳士前湖南衡永郴桂道方學蘇、山東候補道王其慎等聯名呈稱：去歲大水為災，數十年所罕見，寶坻地居窪下，受患尤深。原任工部尚書兼管順天府府尹潘祖蔭一聞災信，先行撥款飛飭印委辦理急撫。內則瀝情入告，外則函電四馳，為民救災，無微不至。本屆待賑人數，倍於往時，飢者給食，寒者授衣、全活甚眾。秋冬以來屢傳集該紳等詳詢賑事，形神憔悴，若疾痛之在身，竟以積勞，一病不起。聞信之日，士民相吊若喪其私，感人之深，實難泯沒。竊以前任順天府尹周家楣因辦理賑撫，由紳民呈請建祠有案。今擬集貲為故兼尹潘祖蔭建立專祠，由地方官春秋致祭，以申報饗，呈請具奏前來。”（《李鴻章全集•奏稿》）
光緒十六年（１８９０），清王朝多事之秋，一場天災又席捲華北大地。六月上諭內閣：“京師自上月二十九日以後，大雨滂沱，連宵達旦，河流驟長……近日京城內外倒塌房屋甚多，有無傷斃人口，並著步軍統領衙門、順天府確切查明，印行奏聞。”六月初六日，潘祖蔭奏：“此次連雨五日，目睹房屋坍塌不可勝數。”六月初九日，李鴻章奏：“……自（五月）二十九日至六月初六日，大雨狂風連宵達旦，山水奔騰而下，勢若建瓴……永定河兩岸並南北運河、大清河及任丘千里堤，先後漫溢多口，上下數百里問一片汪洋，有平地水深二丈有餘者。廬舍民田盡成澤國，人口牲畜淹斃頗多，滿目秋禾悉遭漂沒，實為數十年來所未有。”
李鴻章像
暴雨肆虐之下，順天府２４個州縣發生特大水災。災情之重為數十年所罕見。七月初二日李鴻章奏：“順直各屬，本年夏間霪雨為災，各河漫溢……順直切進京畿，猝遭水患，地方災重，實為百餘年未有。”七月二十二日潘祖蔭奏：“武清、寶坻、香河、寧河、霸州、文安、永清、東安、保定全境被淹。”
寶坻自古就是水患重災區。山洪下來，一派汪洋；海水上侵，頓成澤國。據《天津水利志·寶坻水利志》一書記載，僅元代，不足百年的時間，發生水災４７次。
這一次水災尤其嚴重，百姓的生活艱難可想而知。糧食顆粒未收，老百姓把野草樹皮都吃光了。呈現在人們眼前的到處是扶老攜幼逃荒的難民，無人照應的老人以及瘦骨嶙峋尋找食物的孩子。這一年潘祖蔭已經年入花甲，常年的忙碌奔波，使其身體相當虛弱。但當他想到成千上萬的饑民正在等待著官府的救濟，自己作為朝廷命官責任重大時，不顧年邁體衰，日夜奔走呼籲。對內他不斷將災情稟告給皇上，對外四處發函發電要求救急。他親自偕同府尹陳彝籌措糧銀、衣物，深入災區發給難民。同時，還奏請朝廷允許他在受災最重的地方添設粥棚，使那裡的災民能夠就地取食，並請三、四品京堂到場親自監放。農曆十月，已是深秋，冷風蕭瑟，嚴冬即將來臨。潘祖蔭想到衣不遮體，食不果腹的災民生路將會更加窘迫，又連續多次上疏皇帝，懇請再多撥一些糧款，幫助百姓度過難關。後來他又在大興縣境內添設了兩處粥棚，救助饑民。災民的痛苦，使潘祖蔭食不甘味，寢不安席。加上整日勞頓，致使積勞成疾，終於一病不起。但是他躺在病榻上所關心的，所念叨的仍是救災一事。甚至在他病故前三天，還書寫奏章，懇求皇帝多撥銀米。幫助災民度過飢寒交迫的嚴冬。
潘祖蔭去世後，人們在整理他的遺物時，發現他親筆寫的災情和救災的奏摺手稿多達數千件。
光緒十六年（１８９０）十月三十日，天色異常昏暗，深秋的寒氣籠罩著整個北京城，使人愈感悲涼寒冷。就在這一天，太子太保、工部尚書兼順天府府尹潘祖蔭因病離開了人世。惡耗傳來，朝廷內外一片震驚。皇帝驚悉，立即加恩晉贈潘祖蔭太子太傅，派貝勒載瀅率侍衛１０餘人即日前往祭奠，並賞銀２０００兩用於治喪。賜封諡號文勤。
京城內外的百姓聞訊後，更是悲痛萬分，在連年受災的情況下，許多人因為潘祖蔭的救撫才倖免於死。潘祖蔭去世的當天，數以萬計的老百姓自動前往弔唁，痛哭之聲震撼郊野。
李鴻章後來深情的懷念這位同事和下屬，並且請朝廷參考已故通政使周家楣事例，恩准寶坻民眾為潘祖蔭建立專祠。“臣維去歲被災以後，屢接故兼尹臣潘祖蔭來函，言及災況，憂勤之意，流溢行間，心竊敬之。身後檢其遺牘手寫告災乞賑之書，多至千數百件，病中喃喃，皆言賑務。前蒙恩言，稱為盡心籌畫，勞瘁不辭，是其辦賑宣勤，早荷聖明垂念。查故通政使周家楣在府尹任內籌辦賑撫，著有勞勳，曾蒙恩允建祠。去年順屬受災之重，籌賑之難，更非昔年可比。該故兼尹臣盡瘁以歿，士民尤切哀思。茲據該紳等呈請，援案捐貲建祠，由地方官春秋致祭。揆之御災勤事之義，洵為無愧。”（《李鴻章全集•奏稿》）
奏疏上達後，朝廷恩准，並給予潘祖蔭極高評價。
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