馬里亞納群島陷落後，日本"絕對國防圈"已被衝破，海空軍實力基本耗盡。此時日本海軍主要軍艦僅165艘，88萬噸；而太平洋上美軍卻有791艘，352萬噸。但日軍大本營仍負隅頑抗，將精銳的關東軍6個師團調往菲律賓，並調集海軍全部主力，企圖在菲律賓與美軍決戰，代號"捷1號"作戰。 1944年8月，日軍大本營將在菲律賓的第14軍升格為第14方面軍，將號稱"馬來之虎"的山下奉文大將調去擔任司令官。同時，從關東軍、中國派遣軍和朝鮮軍調遣精銳師團進駐菲律賓。除第16師團駐防萊特島外，1944年7月，日軍將關東軍第8師團（原駐黑龍江綏陽）和第2坦克師團調往菲律賓呂宋島。同年7月，將中國派遣軍駐山西大同的第26師團派往呂宋島，駐馬尼拉附近（後前往萊特島）。此外，日軍在菲律賓還先後組建了第30、100、102、103、105師團。至8月山下奉文接任時，在菲律賓的第14方面軍已有9個師團、3個旅團，23萬人。此外在呂宋島還有第4航空軍6萬人，海軍7。5萬人，補充兵員3萬人，合計約40萬人（《馬來之虎--山下奉文》，第216－217頁）。
但這還不是在菲律賓的日軍全部。1944年9月22日，關東軍第1師團（駐黑龍江北部的孫吳）調往菲律賓。11月，關東軍第10、23師團和朝鮮軍第19師團也調往菲律賓（朝鮮軍的第19師團也參加了"關東軍特別大演習"，與第20師團一樣，也被視為關東軍部隊）。第10師團就是1938年進攻臺兒莊的部隊；第19、23師團是日軍中僅有的與曾與蘇軍作戰的師團（第19師團在張鼓峰，第23師團在諾門坎）。第19師團是馱馬編制，2。8萬人；第1、10師團是摩托化編制，2。44萬人；第23師團是日軍中唯一的機械化師團，2。6萬人。加上這4個關東軍師團，以及其他特種部隊，從東南亞返回本土途中滯留菲律賓的人員，日軍正規軍在菲律賓共57萬人。連同動員的武裝日僑，在菲律賓的日軍總計達63萬人，是日軍在太平洋上最大的一個戰略集團。 進攻菲律賓的美軍，是麥克阿瑟指揮的西南太平洋部隊，陸海軍總計達50萬人。登陸萊特島的部隊為第6集團軍，下轄5個師，20萬人。海軍第3艦隊主力是第38特混艦隊，有17艘航空母艦、6艘戰列艦、17艘巡洋艦和58艘驅逐艦；第7艦隊有738艘艦艇，包括18艘護航航空母艦、6艘戰列艦、11艘巡洋艦、86艘驅逐艦、25艘護航驅逐艦。10月20日，美軍登陸萊特島，在島上的日軍開始僅有第16師團，根本無法抵擋，被迫退往內陸（根據日本厚生省的資料，第16師團共有13778名官兵參加了萊特島戰役，其中戰死13158名，倖存者僅620名。師團長牧野四郎中將也被擊斃）。
日本海軍傾其全力，出動64艘、66萬噸軍艦（4艘航空母艦、9艘戰列艦、20艘巡洋艦、31艘驅逐艦），從10月23－26日，以萊特島為中心與美軍第3、7艦隊進行了長達4天的激戰。
萊特大海戰，世界上最大的一次海戰，戰場以萊特島為中心南北達1000多海里，東西500多海里，雙方投入航空母艦39艘、戰列艦21艘，巡洋艦47艘，僅驅逐艦以上大型軍艦就有300多艘，艦載和岸基飛機2000多架。日軍被擊沉航空母艦4艘，戰列艦3艘（含7萬噸級的超級戰列艦"武藏"號），巡洋艦9艘，驅逐艦9艘，計30。6萬噸；美軍損失航空母艦3艘，驅逐艦3艘，3。7萬噸，不及日軍損失1／8。 儘管海戰慘敗，日軍大本營仍不改決心，重兵增援萊特島。適逢菲律賓正是颱風季節，連下40日暴雨（860毫米雨量），儘管美軍在島上已奪取5個機場，仍由於山洪暴發和泥漿遍地而無法使用。日軍趁機將第1、26師團和第68旅團等部通過南部的奧莫克灣送上萊特島。
這個第68旅團並非等閒之輩，而是關東軍以陸軍公主嶺學校教導隊為基幹編成的精銳部隊（服部卓四郎：《大東亞戰爭全史》，商務印書館第3卷，1277頁），堪稱精銳中的精銳。經增援，島上日軍已達7萬人。但到了11月中旬天氣略有好轉，美軍破譯日軍密碼，獲悉日軍有一支運輸船隊從馬尼拉駛向奧莫克灣。11月11日拂曉，載運日軍第35軍直屬部隊和第26師團一部共1萬人的5艘運輸船遭美軍347架飛機的襲擊，炸沉全部運輸船和4艘驅逐艦，日軍1萬人幾乎全部淹死，軍用物資也全部損失。 萊特島上的日軍在海上運輸線被切斷的情況下，儘管頑強奮戰，特別是第1師團第57聯隊在利蒙附近高地50天的戰鬥中重創美軍第1騎兵師和第24師（我們在朝鮮戰爭中很熟悉美軍這兩支部隊），以致美軍稱為"斷頸嶺"，但日軍彈盡糧絕下終於崩潰，第57聯隊僅餘200多人。第1師團是日軍中最老的師團之一，號稱精銳的"玉"師團，共有1。5萬人登陸萊特島，生還者僅743人。1945年1月中旬，萊特島戰役結束，島上日軍死亡6。8萬，美軍僅死亡3500人（總傷亡1。2萬人），只有日軍1／20。
日軍在萊特島上的第35軍所屬的第1、16、26師團和第68旅團全軍覆沒，這是太平洋戰爭以來日軍第一次在一場島嶼戰中就被殲滅3個師團兵力。日本首相小磯國昭曾宣稱"萊特島之戰是日美戰爭中的天王山"（天正十年，軍閥羽柴秀吉和明智光秀在山崎交戰，佔領天王山為勝敗關鍵）。至戰敗後，小磯故作鎮靜，又宣稱"天王山之戰已由萊特島向呂宋島轉移"。日本民眾因此嘲笑說："聽說沒有敗，只是天王山移動了"。一時傳為笑柄。
1945年1月9日，美軍第6集團軍19萬人登陸呂宋島仁牙因灣，掩護艦艇達850艘。由於日軍頑強抵抗，美軍進展緩慢。麥克阿瑟於1月底將第8集團軍投入戰鬥，並投入第11空降師斷敵後路，很快就將掩護仁牙因灣至馬尼拉的日軍第19、23、103師團、第2坦克師團和第58旅團等部擊潰，於2月4日衝入馬尼拉。防守馬尼拉的是日本海軍人員約2萬人，經一個月巷戰全部被擊斃。日軍主力退入山地叢林，病死餓死者超過戰死者10倍以上。據倖存的日軍回憶，當時患上登革熱、爛腳病的人，就等於被宣判了死刑。"迴歸熱"更是熱帶叢棘中最可怕的一種疾病。患者週期性地持續高燒，初次發燒一般七天，又歇七天；然後第二次發燒五六天，又間歇五六天；再第三次發燒......週而復始，將人折磨得死去活來，同時間歇時間越來越短，發燒越來越頻繁，故名"迴歸熱"。
不知有多少日軍被"迴歸熱"反覆折磨，熬幹氣血，在已無人形時悲慘地死去。飢餓，是更大的敵人。滲入叢林的數十萬日軍官兵，成為與叢林中的動物競食的一股可怕力量。他們似一群大蝗蟲，所過之處，樹皮、草根皆遭殃，飛禽走獸紛紛落荒而逃。日軍甚至還自相殘殺，吃掉戰友的屍體！據士兵荻原長一回憶，他曾來到某個巖洞，受到3個軍士的 "款待"，給他吃了一種味道獨特的燻肉。獲原等人狼吞虎嚥地吃完那些燻肉後，好奇地詢問這是什麼肉。那個伍長淡淡地說："我們在同類相食呢！"曹長補充道："把不能行走但還有一口氣的戰友的軀體就那麼扔在那裡，讓蛆蟲、野獸暴食，怪可惜的......所以我們自己享用了！"荻原一行聽罷，不禁翻腸倒肚。
後來才知道，被這幾個人吃掉的，並不是他們所說的與他們素不相識的海軍人員，而是與他們同一分隊的朝夕相處的戰友，而且都是同鄉。在一個已經塌頂的小窩棚裡，還橫陳著5具士兵的屍體。屍體的大腿肉已被剔去，僅剩下白森森的股骨和肱骨。窩棚不遠處，有四個士兵圍坐在篝火旁烤食著人肉。一名少尉帶領一個分隊路過這裡時，這四個士兵加入了這支隊伍。幾天後，這四個士兵殺掉了熟睡中的少尉，除骨頭外，包括腳掌底下的皮都吃得乾乾淨淨（以上見《骷髏的證詞：52萬大軍化作白骨》）。這就是日軍在菲律賓失敗的慘狀。
如前所述，據《日本陸海軍事典》統計，日軍在菲律賓就戰死陸軍36。87萬人，海軍11。79萬人，合計48。66萬人。加上軍屬，共計死亡51。8萬人（而據大岡昇平所著的《萊特戰記》稱，日軍在菲律賓的戰鬥人員死亡總計達55萬人，非戰鬥人員死亡4萬人）。
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