清咸豐六年（1856），太平天國翼王石達開率軍離開天京，轉戰安微、江西、湖南、廣西等地。咸豐十一年（1861）八月至同治元年（1862）正月，石達開部在縣境轉戰，後經湖北入川。各族群眾踴躍加入太平軍，石達開部由入湘時的5萬人，離開時增至10萬餘人。
咸豐十一年（1861）10月，許桂和率太平軍經黔、川入湖北，攻克咸豐和來鳳縣城，擊斃來鳳知縣王頌山。龍山富豪驚恐萬分，紛紛攜款出逃。城內未逃紳士黃一沄、黃元齡等速募鄉勇200餘人，協助知縣王汝星守城。
八月癸未（10月1日），湖南巡撫毛鴻賓令永順協副將張昕率汛兵二百馳援龍山。龍山城汛千總宋士成守東門，千總田士材守西、南門，張昕守北門。強令城外百姓遷入城內，並燒燬城外民房。
10月19日，許桂和部以北門為突破口，直逼城下，守兵緊閉城門，城上磚石齊下，太平軍死5人，退駐來鳳。次日，太平軍新入伍的來鳳籍士兵高連生等13人，化裝成逃難百姓，混入縣城為內應，不料被叛徒告密，全部遇害。
太平軍經過三天休整，於10月22日兵分五路，再次圍城。激戰八小時，清軍副將張昕受傷，正當此時，川軍易佩紳率軍進入縣境，先頭部隊已由獅子山到達城外，從背後襲擊太平軍，太平軍腹背受敵，退回來鳳。
10月24日，易佩紳率千餘人，分兩路從官渡口渡河進攻太平軍。太平軍誘敵深入，易軍大敗，丟屍400餘具，潰退茨巖塘。太平軍大捷後，聲威大振，準備再攻龍山城。
10月26日，鎮竿（現鳳凰）左營遊擊劉元魁、參將熊興柏和守備張仁杰等率營兵、捷勇、練勇900餘人援龍山，分別駐縣城和亭寺堡。十月，酉水暴漲，兩軍隔岸相峙。
12月1日，石達開率太平軍5萬，進攻保靖清水坪。駐守裡耶的清軍受太平軍重炮轟擊，四處潰逃。太平軍搭浮橋渡酉水入裡耶，經數日休整，沿長潭、內溪北上至招頭寨。後經龍潭巖，攻佔茅坪、沙坪，堵住茨巖塘通往縣城要道。
12月15日，太平軍進攻駐茨巖塘清軍易佩紳部，總兵周達武率部援易，周部副將、都司被擊斃，雙方久戰不下。貴州總兵江忠潮、江西巡道席保田、永順總兵王成章相繼兵援龍山。
同治元年正月初二（1862年1月31日），石達開率軍繞道觀兵堡，從華塘數處渡酉水河，與駐來鳳許桂和部會師。
正月初九，駐龍山清軍分道渡河攻來鳳，縱火將來鳳縣城燒為廢墟，太平軍棄城西走紅花嶺，經咸豐進入四川。
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