抵制各種地域黑
其他方面姑且不論，但要說學術水平，國內能和南京大學掰腕子的大學，大概只有清華大學、北京大學以及中國科學技術大學了。
南京大學建立了中國最早的現代科學研究實驗室。截至2010年5月，南京大學共取得國家自然科學獎一等獎11項，二等獎12項，名列大陸高校第一。
在最能反映基礎研究水平的SCI論文榜上，發表論文數連續7年第一，被引用次數連續8年第一；在國際頂尖雜誌《Science》和《Nature》發表的論文數全國第一。
南京大學2015自然指數在亞太地區（Asia-Pacific）各大科研機構與高校中排名第7位，在全國高校中排名保持第3位，緊隨北京大學、清華大學。至此，南京大學的自然指數已經連續兩年位居全國高校第三。
這些年常常聽到南大衰退的說法，但所謂衰退是以清華北大或曾經的國立中央大學為參考系，南京大學的學術水平和人才培養質量，仍然保持著國內頂尖高校的水準。應該說，不同的大學有不同的特色，而學術研究正是南大的特色。南京大學也是我國最早引入SCI科研評價體系的高校，改革開放後，南大的迅速崛起，並躋身國內頂尖高校行列，靠的正是學術水平的過硬。
武漢大學雖然也是名校，但遺憾地是，學術水平這一塊，還有不少不盡人意的地方，在國際頂級期刊Nature,Science（正刊）上，很少看到武漢大學身影。
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上庠
首先要說，兩個學校都是好學校，都是雙一流，985和211。實力在國內來說都是很高的，不是一般學校可以比擬的。
但是這兩個學校特色也很突出，武漢大學體量很大，專任教師多，學者多，學生多。相比之下，南京大學就要小很多了。具體如下圖，具體數據來自各自官方網站。
提問者問的是學術水平，這顯然和學校大小無關，和學校風景無關，和所在地無關，也和校花長的如何無關。我之前也回答過類似的問題，下面我就從四個方面著手，仔細分析下兩校的學術水平，本人在此不做任何區分，只列具體的數據。
一、雙一流學科數和第四輪學科評估A類學科
這兩個學科數最近比較火，我個人雖然不覺得這個和學術水平有多大的關係，但是還是拿出來說一說，不然肯定有人要來找茬。
具體數據如下：
雙一流學科數：南京大學15個，武漢大學10個。
第四輪學科評估A類學科數：南京大學21個，武漢大學19個。
二、CNS的發表
上圖還有一個CNS發表篇數。什麼是CNS呢？實際上就是《Cell》、《Nature》和《Science》這三種國際上最頂尖雜誌的簡稱。CNS論文數可以說明一個高校在生命科學領域的頂級學術成果。含金量非常之大，是學者們夢寐以求的。這麼說吧，如果你能在這三種雜誌發表論文，升教授將是毫無壓力。
2017年三種頂尖雜誌發表篇數：南京大學7篇，武漢大學3篇。
三、NI自然指數
CNS只是作為頂尖的雜誌，其實也並一定能說明一個學校的綜合實力。所以，目前比較權威的比較就是Nature Index（自然指數），這是自然集團根據其選定的68種期刊，統計分析各科研機構在這些期刊上發表科研論文的數量以及每篇論文相對貢獻值等計算方法得出的排名。
這是我剛從他們網站截圖下來的最新國內排名。如圖所示，除去中科院，南京大學國內高校第三，武漢大學第十一。
四、基本科學指標數據庫ESI
還有一個比較權威的指數就是ESI，全稱基本科學指標數據庫，是當今世界範圍內普遍用以評價高校、學術機構、國家/地區國際學術水平及影響力的重要評價指標工具之一。
如圖所示，南京大學國內排名第七，國際排名226。武漢大學國內排名第十四，國際385。
最後我要說下，其實單純的拿學科數和論文發表來衡量兩個學校是不公平的。學校有大小，學者有多少，20個人發表論文和10個人去比較是沒有意思的。
以上通過四個數據的列出，大家自行評價，還是那句話，歡迎討論，拒絕謾罵。
實驗室的那些事兒
其實，不存在武漢大學和南京大學幹上了，也不存在誰在學術水平更高一點的問題，兩者伯仲之間。
首先，兩者都是中國一流大學，都是“211工程”建設和“985工程”建設高校，都是A類“雙一流”建設大學。論綜合實力和學術水平，南京大學全國排第6名，武漢大學第7名。
其次，看博士學位及碩士學位授權學科。南京大學有博士學位授權一級學科44個，199個二級學科有博士學位授權；在11個學科門的66個一級學科，249個二級學科有碩士學位授予權。還有專業碩士學位授權點24個，專業博士學位授權點1個。武漢大學47個一級學科有博士學位授予權，218個二級學科有博士學位授予權，60個一級學科297個二級學科有碩士學位授予權。
第三，再看國家重點學科和博士後流動站。南京大學有一級國家重點學科8個，38個博士後科研流動站；武漢大學有5個一級國家重點學科，42個博士後科研流動站。
第四，看科研力量。南京大學有國家人才培養基地13個，國家級2011協同創新實驗室2個，國家重點實驗室7個，教育部重點實驗室8個。有中國科學院院士29人，中國工程院院士3人，外籍院士7人，參與“973計劃”和“863計劃”等國家重大項目首席科學家76人次，國家有突出貢獻的中青年科學，技術，管理專家27人。武漢大學有11位中國科學院院士，7位中國工程院院士，3位歐亞科學院院士。有28人次參與“973項目”和“863計劃”等國家重大項目，有7個國家創新研究群體，56位國家傑出青年科學基金獲得者。
從以上幾個方面比較，不難看出，南京大學學術水平略比武漢大學強，但近年來，南京大學人才流失嚴重，很有比武漢大學超越的可能。
金牌高考志願填報專家
武大和南大優勢學科並不交叉單純比較沒有意義，南大優勢學科對標的是文學北大復旦，社會學北大人大，管理學緊隨清北復交，物理學對標北大科大，化學位列北大之後，計算機以及生物國內一流，天文和地質學國內領先地位，只有檔案管理和武大並列第一。武大法學和馬克思主義哲學國內領先，另有來自原武漢測繪和武漢水電的幾個工科優勢學科比如地理學測繪科學水利水電工程等。南大基礎科學雄厚武大偏重應用，其實武大更應和浙大比較。
Oliver1633
南大本來就比武大高一檔，全方位碾壓武大妥妥的
心雨溪
看雙一流評審的學科就知道了，武大的一流學科不僅少，而且質量次，一流學科比很多211都不如，檔案管理學和馬克思列寧主義研究學真的讓人感覺搞笑，看看東南大學的雙一流，華中科技大學的雙一流，不知道武大郎排在前面羞愧不羞愧，光體量大往前擠有毛用，研究檔案管理全國第一嗎？？？呵呵呵
我擁有特殊技巧
武漢大學和南京大學是我國首屈一指的高等學府，分別代表著華中和華東地區的學術水平。武漢和南京武漢與南京兩個都是副省部級別的城市，它們經濟發達，歷史文化底蘊豐厚。
要對比兩個高校的學術水平主要從雙一流學科數和第四輪學科評估A類學科、NI自然指數、科研成果等方面進行比較，下面就從這幾個方面進行對比。
具體數據如下：雙一流學科數：南京大學15個，武漢大學10個。第四輪學科評估A類學科數：南京大學21個，武漢大學19個。從數據進行直接的對比，最直觀，最客觀，最能說明想要了解。
武漢大學（Wuhan University），簡稱“武大”，是一所中國著名的綜合研究型大學,也是近代中國建立最早的國立大學。在科研成果方面，2010年至2013年，武漢大學歸一化影響因子達到世界平均水平的3.38倍，篇均被引次數達到16.8次，超過同期斯坦福大學化學領域的表現（該校化學領域影響因子達到世界平均水平2.8倍，篇均被引12.1次）。
自主創新方面，新增主持973計劃（含重大科學研究計劃）13項，獲教育部人文社科重大攻關項目13項，國家社科基金重大招標項目21項，新增以第一完成人獲國家自然科學二等獎3項，國家科技進步二等獎9項，國家技術發明二等獎1項，國際科技合作獎1項，教育部人文社科優秀成果獎43項。
一系列數據的羅列，代表的是這個學校所有師生引以為傲的成果，也代表著他們為此所付出的一切。
南京大學（Nanjing University），簡稱“南大”，是中華人民共和國教育部直屬、中央直管副部級建制的綜合性全國重點大學，是歷史悠久、聲譽卓著的百年名校。
在科研成果方面，建立了中國最早的現代科學研究實驗室。截至2010年5月，南京大學共取得國家自然科學獎一等獎1項，二等獎12項，名列大陸高校第一。
在最能反映基礎研究水平的SCI論文榜上，發表論文數連續7年第一，被引用次數連續8年第一；在國際頂尖雜誌《Science》和《Nature》發表的論文數全國第一。
這兩所學校的科學研究均達到世界的平均水平，這是可喜的一件事情，實在要分出高下，南京大學可能更厲害一點。作為我們中國人，我們都要因國家有這樣的學校而驕傲!
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優學優考策略
很顯然，這個問題與另外一個武大華科比較問題是同一人所提，而且同一個作者裝模作樣煞有介事用同一套路回答了一番，有預謀黑武大的主，別秀這種低智商了啊！
優美小行板
建議百度三個名詞：武大核心，南大核心，國家實驗室。預計一個兩個世紀以後，他大爺還是他大爺。
_阿彌陀佛
不知天高地厚的問題，明擺著的事，表面上是抬高武大，實際上是在貶低。
