國民黨軍隊的派系早在孫中山依靠地方軍閥建立政權時就產生了，後來幾經整編平叛，終於成立了由軍事委員會統一指揮的國民革命軍。而在實際上，第一批成立的八個軍在本質上就分為八個派系，在接下來的北伐戰爭中又有各路軍閥接受了國民政府的收編，這就使本來已經複雜的派系環境更為複雜。
在軍閥混戰中，蔣介石戰勝了其他各路實力派，成為了掌握全國軍政大權的領袖人物。事實上，蔣介石因為自身實力有限，加上紅軍在全國各地的革命以及日本對中國的逐步蠶食，他又不得不依靠這些名義上歸順中央的軍閥維持現狀，以維護他的統治。抗戰勝利後，大派系還留有李宗仁、閻錫山等，其他小派系如馬步芳、馬鴻逵、馮治安、劉汝明、劉文輝、鄧錫侯等更是不勝枚舉，就連蔣介石所謂的中央軍也分嫡系和旁系，大的就有陳誠、胡宗南和湯恩伯，小團體則有孫立人、杜聿明、王耀武、李彌等等。
這些派系的形成使得國民黨軍隊內部矛盾重重。嫡系看不起旁系和雜牌，作戰時總讓雜牌充當炮灰。雜牌則為自保，出工不出力，在同一系統中又有爭權奪利而產生矛盾。這就從根本上形成了嫡系與雜牌之間的互不信任，和同系與同系間的面和心不和，從而給瞭解放軍各個擊破的機會。
如整編第七十四師被圍於孟良崮，因師長張靈甫與同系同僚李天霞不和，導致李天霞的整八十三師不以全力解圍，其他兩路的旁系整二十五師和桂系第七軍也是出工做個姿態而已，以致張靈甫直接向外圍的嫡系第八軍和整十一師求援。遠水解不了近渴，整七十四師的覆沒就這樣成為了定局。荒唐的是，在戰後的檢討會議中，負有責任的李天霞、黃百韜都沒有受到處罰，還在半個月後被分別授予三等和四等雲麾勳章。後在輿論以及陣亡將士眷屬的壓力下，才將李天霞調為第一綏靖區附員，黃百韜則被撤職留任。用“友軍有難，不動如山”這句話來形容這個戰例，實在是太貼切了。
主持華北軍政的傅作義出身晉軍，但又自成一系。東北國民黨軍隊覆沒後，蔣介石要傅作義將華北國民黨軍隊撤往長江以南。但傅作義明白自己的地盤在綏遠、察哈爾，失去地盤等於失去了自己的軍權，他寧願選擇困守華北也不願意南下，蔣介石對此也無可奈何。隨著北平的解放，蔣介石能賴以作戰的精銳損失殆盡。
三大戰役結束後，國民黨軍隊將士人人自危。在此危急時刻，國民黨內部理應拋棄前嫌精誠合作，但是派系在軍內的根深蒂固，使得這些將軍已經無法看清癥結所在。解放軍發起渡江戰役後，國民黨軍隊各自為“戰”，根本不聽統一指揮。嫡系部隊還能稍事抵抗，雜牌部隊則是一路從長江南岸“轉進”到福建廣東。與此同時，坐擁西南的地方實力派對於蔣介石的命令早已陽奉陰違，紛紛聯繫起義。當胡宗南在西康一隅作了最後一次象徵性的抵抗後，國民政府終於結束了在大陸的統治。
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