1、收购发票能否在质量得到肯定要支付款项时开具
问：我公司从事农产品加工业，收购农产品时因部份产品质量存在争议问题，无法在收购的同时开具收购发票和支付款项，收购发票能否在产品质量得到肯定后要支付款项时再开具？
答：一、根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令第25号）第二十六条的规定：“填开发票的单位和个人必须在发生经营业务确认营业收入时开具发票。未发生经营业务一律不准开具发票。”
二、根据《福建省国家税务局关于印发〈农产品加工企业增值税管理办法（试行）〉的通知》（闽国税发〔2013〕151号）附件2福建省国家税务局通用机打发票（收购专用）使用规定第二条的规定：“收购发票，是收购单位向其他个人购买货物、支付款项时开具的发票，是其成本列支并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。”
根据上述规定，贵公司领购的农产品收购发票，可以在支付款项时开具。
2、开出的专用发票丢失销方和购方分别如何处理
一、根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第19号）规定：“三、简化丢失专用发票的处理流程
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》（附件1、2，以下统称《证明单》），作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。“
二、根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函〔2009〕617号）规定：“一、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。”
增值税一般纳税人开专用发票发生退货如何处理
3、问：公司是销售生物制品、实行简易办法征收方式的增值税一般纳税人。2014年6月份开具一张6%的专用发票现在2014年7月发生退货，应如何处理？
答：根据《财政部国家税务总局关于简并增值税征收率政策的通知》（财税〔2014〕57号）第二条规定：财税〔2009〕9号文件第二条第（三）项和第三条“依照6%征收率”调整为“依照3%征收率”，自2014年7月1日起执行。 贵公司实行简易办法征收的生物制品，自2014年7月1日起执行3%的征收率，但所属期为6月份的生物制品发生退货，应以6%的征收率开具红字发票冲销，并建议在红字发票备注栏上注明原销售日期。
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