說起人類起源之謎，大多數現代人對達爾文的進化論推崇有加，相反，當有少部分人提出“神造論”時，總是會引起一大片批判聲，什麼異想天開，痴人說夢，神棍之類的說法不絕於耳，那麼，進化論是否就像他的推崇者說的那樣“牢不可破”，沒有一絲缺陷呢？
達爾文在《物種起源》中提出人類起源於古猿的理論，經過一番激烈的學術和宗教的大動盪，大爭論後，漸漸被科學界所接受。在以後的歲月裡，古生物學家通過對古生物化石的研究，在達爾文學說的基礎上，形成了現代人類起源說。
當時大家普遍認為，人類是古猿經過數百萬年的漫長歲月，在萬物更迭交替變化中逐漸進化而來的。這一理論，從其他學科，比如胚胎學，解刨學，現代生物學等學科中尋到了證據。根據這些證據，人類推測地球生物進化的總模式是：無脊椎動物——脊椎動物——哺乳動物——靈長類動物——人類。馬克思十分欣賞達爾文的進化論，同時認為，在由猿到人的進化中，勞動起了決定性的作用。
不可否認，進化論體系的完善，許多科學家為此付出了大量的心血，不但如此，在維護生物進化論的過程中，不少社會學家，尤其是一些哲學家也作出了許多貢獻，由於這些傑出人物的努力，生物進化論成了當今世界上不可動搖的理論之一。
然而，隨著現代科學的不斷進步，這套不可動搖的理論非但沒有更加牢固，反而”搖搖欲墜"。人類對進化論的分歧卻越來越大，從認知的各個層面對他提出了越來越嚴厲的批判。
美國佐治亞大學的遺傳學家約翰.麥克唐約說：“在過去的20年的時間裡，適應性遺傳研究的結果使我們越來越陷入一個巨大的達爾文主義的陷阱中。”
美國芝加哥大學生態進化系的傑麗.科恩教授說：“無奈，我們只能這樣說，新達爾文主義的觀點幾乎沒有什麼依據，它的理論基礎和實驗依據都不足。”
聖多菲大學的斯圖爾特.考夫曼的觀點可能更加客觀一些，他說：“無論創造主義科學家如何抱怨，達爾文和他的進化論與我們總有些距離。達爾文的觀點究竟對不對？話句話說，他的理論適不適用呢？我認為他不適用，並不是達爾文本身錯了，而是他只抓住了真理的一部分。他曾寫過一本書《自然法則的起源》，他認為，生命起源，新城代謝，發生程序，肌體橫剖型線圖都是達爾文理論所無法解釋的。
進化論有一個重要的命題：大變化可以分化成長時間的一系列小變化，也就是說，複雜的人體器官是一步步漸進形成的。達爾文本人也曾在《物種起源》中這樣寫道：”如果有人能證明所有存在的器官不是由無數的，漸進的，微小的變化而來，我的理論就徹底崩潰了。“然而，這個結論與當代的科學實驗怎麼也對不上號，因為器官發生作用時，是許多條件的綜合反映，離開了任何一個條件，這個器官就不能發生任何作用，這個結論也成為了眾多科學家質疑進化論準確的一個”黑匣子“。
不管達爾文的進化論由多麼偉大，但他確實解釋不了分子層次的生物現象，按照達爾文的解釋，任何生物的出現都是小部分疊加的結果，而生物分子科學的研究卻徹底毀滅了達爾文的幻想。
因此，不管有多少人來維護進化論，他始終不過是一種假設而已，而且是世界眾多假設中的一種，我們應該始終牢記一句話，這句話是恩格斯說的，他說：”只要自然科學在思維著，它的發展形勢就是假設。“既然是假設，那麼就應該允許別人有探討的餘地，允許別人發表不同的觀點。一味地用一種假設來排斥其他假設，這是不科學的，本身就是對馬克思—恩格斯精神的嘲笑。
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