進化論解釋了包括我們在內的所有生物的生命是如何出現的。通過向生物體不斷添加特徵，並不斷增加其複雜性來假設進化工作很容易。一些魚演變出腿，然後走到土地上。一些恐龍進化出翅膀並開始飛翔。其他人則進化出子宮，並開始生下年輕的生命。

然而，這是對進化論最主要，最令人沮喪的誤解之一。生命之樹的許多成功分支都保持簡單（例如細菌），或降低了它們的複雜性（例如寄生蟲）。他們做得很好。

在發表於《自然生態與進化》上的一項最新研究中，科學家比較了100多種生物（主要是動物）的完整基因組，以研究動物王國在遺傳水平上是如何變化的。結果表明，主要動物群體（例如包括人類在內）的起源與增加新基因無關，而與大量基因損失有關。

進化生物學家斯蒂芬·傑伊·古爾德（Stephen Jay Gould）是的“通往智人之路（The March of Progress ）”的最強反對者之一，這種觀點認為進化總是導致複雜性的增加。古爾德在他的《滿屋》（Full House，1996年）一書中使用了酒鬼漫步的模型。酒鬼離開了火車站的酒吧，笨拙地在站臺上來回走動，在酒吧和火車軌道之間搖擺。如果時間足夠，酒鬼將掉入鐵軌並被困在那裡。

The March of Progress (The Road to Homo Sapiens)

該站臺代表了一種複雜程度，其中酒吧代表最低的複雜度，而鐵軌是最大的複雜度。生命出現類似於從酒吧出來，以最小的複雜性出現。有時，它會偶然跌落到鐵軌上（以增加複雜性的方式演變），而另一些時候則是偶然地回到酒吧（降低複雜性）。

沒有哪種選擇比另一個更好。根據環境的不同，保持簡單或降低複雜性可能比增加複雜性更好地生存。

但是在某些情況下，動物群會進化出複雜的特徵，這些特徵是它們身體運作方式所固有的，不再失去那些基因而變得更簡單 - 它們會卡在火車軌道上（在這個比喻中，沒有列車需要擔心。）。比如，多細胞生物很少回到單細胞狀態。

如果我們只關注困在火車軌道上的生物，那麼我們對生命的偏見會從簡單到複雜的直線發展，錯誤地認為較舊的生命形式總是簡單的，而較新的生命形式則是複雜的。但是，通往復雜性的真正途徑更加曲折。

古爾德與牛津大學的彼得·霍蘭德（Peter Holland）一起，研究了動物的遺傳複雜性如何進化。以前，他們已經證明添加新基因是動物界早期發展的關鍵。然後，問題就變成了後來的動物進化過程中是否如此。

學習生命之樹

大多數動物可以歸類為主要的進化譜系，即生命樹上的樹枝，顯示了當今動物如何從一系列共同的祖先進化而來。為了回答複雜性的問題，古爾德與霍蘭德研究了可公開獲得基因組序列的每個動物譜系，並與許多非動物譜系進行比較。

一種動物血統是後口動物總門（deuterostome），包括人類和其他脊椎動物，以及海星或海膽。另一個是蛻皮動物總門（ecdysozoan），包括節肢動物（昆蟲、龍蝦、蜘蛛、千足蟲）和線蟲動物門。脊椎動物和昆蟲被認為是最複雜的動物。最後是冠輪動物（lophotrochozoa），其中包括諸如軟體動物（如蝸牛）或環節動物（如蚯蚓）等。

研究人員選擇了各種各樣的生物，並希望瞭解它們與生命樹之間的關係以及它們共享和不共享的基因。如果某個基因存在於樹的較舊分支中而不是較年輕的分支中，則推斷該基因已丟失。如果某個基因不存在於較老的分支中而是出現在較年輕的分支中，則認為它是在較年輕的分支中獲得的新基因。