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軍統是老蔣自己的，中統是國民黨的，兩者是牽制作用，老蔣當然更偏心於軍統和戴笠了。
1928年1月，蔣介石重新上臺。他在全面重掌黨政大權之後，痛定思痛，決定擴大自己的特務組織機構，以應付黨內外鬥爭的需要。2月，國民黨二屆四中全會召開，蔣介石穩固了他的統治秩序。是月底，他採納陳果夫的建議，決定讓國民黨中央組織部下設黨務調查科專司負責黨務情報蒐集工作，任命其秘書陳立夫為科長。不久後由張道藩、葉秀峰先後任科長，1929年改由徐恩曾任科長。徐恩曾是中統歷史上最有實權的領導人，他掌握中統時間最久；可以說，他是中統的靈魂人物，中統真正意義上的老闆。
黨務調查科成立時，人數不多，其調查任務是針對黨內的派系鬥爭蒐集情報。分為採訪、整理兩個股，各設總幹事一人，下設幹事、助理幹事若干人。採訪股總幹事初為楊劍虹，但在楊因派系鬥爭及涉嫌貪腐事件自殺後，總幹事改由曹立瀛繼任。之後，又由曾三省、張衝繼任。整理股總幹事初由吳大鈞擔任，吳升任科主任後，又改由於事濮孟九繼任。後來由於反共形勢的需要，調查科擴張為政黨鬥爭的工具，也蒐集中共和其他政治對手的情報，繼而又開設了“特工訓練班”，廣招兵馬，擴充組織。 從此，國民黨有了真正意義上的特務機構——第一個正式的專職情報機構，即“中統”組織之開始。 
李三萬的三萬裡
最大的區別是軍統屬於軍隊序列，全稱是：國民政府軍事委員會調查處。負責軍、憲、警部門以及對外的情報安全工作；我們再來說說中統，中統的全稱是：國民黨中央黨部統計調查處。控制中統的機構是國民黨中央組織部。中統局負責的是除軍、憲、警等軍事部門外的情報安全工作。中統對社會輿論、思想言論也負有監控責任。
按理說兩個部門各管各的，一個管軍，憲、警及對外情報，一個管軍，憲、警之外的情報，應該互不干涉才對。但這兩個部門卻掐的很厲害，這是有歷史原因的。
首先是國名黨政府的西遷，從南京遷到了重慶。這在當時的形勢是非常嚴峻的，所以軍統局也擔負了一些對行政機關，交通、金融部門這些要害部門的監視。而這本該是屬於中統管的事情，這就和後來的中統局有了權限方面的衝突。
說白了也是利益，軍統自然不願意把權限交出來，所以，一旦遇到矛盾，兩個部門的人就會衝突起來，小事情由雙方領導負責擺平，但鬧大了雙方就都很不好看。但誰都知道戴笠深受蔣介石的信任，所以，軍統的勢力也是在逐漸擴大。
40年代之前，中統勢力是比軍統大的多，當時國民黨的各級基層黨組織，都是中統的特務網延伸。許多基層黨部的負責人，本身就是中統的基層負責人。但到了抗日戰爭以後，國名黨對情報的工作對象有了改變，從對付共產黨向對付日本侵略者轉變，這個時期，中統的地位就不如軍統了，因為軍統屬於軍隊序列，再加上國土淪陷，中統基層組織遭遇破壞，所以，逐漸被軍統所取代。
還有一個重要原因，蔣介石能控制住軍統，因為那是自己人。戴笠是蔣的親信。
而中統是國名黨CC系的大老陳立夫、陳果夫兄弟掌控，在人事上蔣是不能直接控制的。蔣自然會扶植軍統，壓制中統。到了國民黨退到臺灣以後，中統實際上已經喪失了全部組織系統。而軍統的組織系統倒是得以保存和發展。
由於中統與軍統在爭奪秘密工作的主導權上，進行了長期的明爭暗鬥，雙方的合作非常有限。
國民黨逃臺後，蔣介石對兩個特務組織進行了改組，成立了國家安全局和軍事情報局。這實際上就是中統與軍統的延伸。對雙方的工作範圍也進行了區分，明確了國安局以對內安全為主，重點是偵查島內的中共組織。軍統以對大陸為主，重點是對大陸偵察、派遣、破壞和武裝襲擾。
到蔣經國後期，特別是“江南事件”以後，蔣經國開始改組臺灣情報特務組織的系統與任務範圍。國安局逐漸取代軍事情報局，成為島內最大的情報機關，並開始掌握對大陸的特務與情報活動的主導權。而軍情局反而變成了單純的軍事情報機構了，主要負責對大陸軍事系統的情報工作。
加密的故事
兩者最大的區別就是中統管國民黨黨內部，軍統管國民革命軍內部。中統和軍統的前身分別是勵進社和復興社，在《潛伏》裡，餘則成說過一句話：“這是勵進社殘殺復興社的變種。”說的就是以前兩家就已經頻繁內鬥。
1938年3月份，蔣介石以更利於抗戰為由，首先將國民黨中央組織委員會黨務調查科改組成國民黨中央執行委員會調查統計局，即中統；同年8月，又將軍事委員會密查組、軍事委員會調查統計局第二處，以及復興社特務處，整合成國民政府軍事委員會調查統計局，即軍統。
戴笠
兩個都是調查統計局，不過一個對黨務，一個對軍務。按照當時成立時的目的，軍統直接屬於國民黨軍隊序列，主要任務是收集各類情報、對軍隊監視整治，對敵對勢力逮捕暗殺。中統則是監控國民黨機關內部情況；打擊一切國民黨之外的黨派；控制社會輿論和思想。
陳立夫
這兩個系統的局長都是由蔣介石侍從室的人擔任，實際掌控者都是副局長，軍統副局長是戴笠，中統的老闆則是陳果夫和陳立夫兄弟倆，因為中統管黨務，所以當時有“蔣家天下陳家黨”的說法.
漁樵侃史
中統局：負責除軍、憲、警等軍事部門外的情報安全工作，實際工作中也是基本上維持在這個範圍之內的，因為軍統局也不允許它干涉越權。中統局的工作重心在黨政機關內部，另一個重點就是暗中打擊一切反對派政黨，尤其是共產黨，此外對於社會輿論、思想言論也負有監控責任(類似現在美國的聯邦調查局FBI)。
軍統局：負責軍、憲、警部門以及對外的情報安全工作(類似今天美國的中央情報局CIA)。中統與軍統在爭奪秘密工作的主導權上，進行了長期的明爭暗鬥。中統和軍統互相之間常常打對方的“報告”，但中統並不敢對軍統進行滲透，中統在軍隊裡也不直接開展工作，它的政策是“不碰軍隊”；另一方面，軍統也不試圖對中統進行滲透――起碼在總部這一層上。但是由於軍統局成立後不久國民政府西遷重慶，形勢嚴峻，軍統局也擔負了一些諸如對行政機關、交通、金融等要害部門的監控，這樣就引起了與中統局的權限衝突。
小哥歷史
這兩單位都是特務，直屬蔣校長，軍統是由復興社發展而來，龍潭三傑以後中統頭子失去信任了，戴笠一人獨大，戴笠落馬後， 毛人鳳接班。藍衣社,也叫激進社,是中統的前身。軍統吏屬國防部,主管軍事方面情報與反間諜活動,而中統吏屬國民黨中央,主管黨內行政的活動,兩者幾乎不是一個重量級的對手，戴老闆死後，軍統改名為保密局，有時諜戰片裡的保密局就是原來的軍統，中統改名為黨通局，從原則上將一個負責監督軍隊，一個負責監督政界。
醉香子
軍統，全名是國民政府軍事委員會調查統計局。抗戰勝利後，軍事委員會撤銷，成立國防部，下屬的軍統局壓縮編制，裁減人員，公開的業務劃歸國防部二廳，其核心部分也就是秘密部分成立為國防部保密局。
捷爾任斯基44107915
都是特務組織，都對蔣介石個人負責，蔣介石發展兩個特務組織也有讓他們互相制約的意思，類似於明朝的錦衣衛和東西廠。軍統由藍衣社發展而來，隸屬國防部，所以在一些影視和文學作品中，常能聽到“國防部二廳”這個名詞。軍統著名的頭子是戴笠，戴笠死後，毛人鳳接手。中統隸屬國民黨中央，前身是復興社。從任務上講，軍統負責軍事，中統負責做黨內黑手。
