花生的根属圆锥状直根系，有一条主根和多条侧根组成。种子萌动后，胚根首先突破种皮，垂直向下伸长，深入土中形成主根。播种后5天，子叶尚未出土时，胚根已伸长6厘米左右；出苗时，主根可长达19-40厘米，侧根28-47条；始花时，主根可达60厘米以上，已生出100-150条侧根。
成熟植株主根长一般为60-90厘米，花生主体根系分布于30厘米深的土层内（约占根总量的70%），但以地表下15厘米土层侧根最多。直立型品种根系分布直径约为50厘米，蔓生型品种可达80-115厘米。
花生根瘤多数着生于主根上部和靠近主根的侧根上，下胚轴上亦能形成根瘤。根瘤大小，着生部位，内部颜色等都与固氮能力有关。
当幼苗主茎生出4-5片真叶时，幼根上便形成肉眼可见的圆形瘤状体；幼苗期，根瘤菌和花生是寄生关系，基本不能进行共生固氮；随植株生长，根瘤菌固氮能力逐渐增强；开花后，可为花生提供越来越多的氮素，根瘤菌与植株的关系变为共生关系；盛花期和结荚初期是根瘤菌固氮和供氮的高峰期；生育后期，根瘤菌固氮能力衰退能力很快，根瘤破裂，根瘤菌重新回到土壤中营腐生生活。
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