最近科学家发现，有的人的消化道会阻止标准益生菌对其进行“殖民”。此外，服用益生菌对抗抗生素会有副作用，可能会延续正常肠道细菌和基因回归初始状态。
有人就担心：益生菌真的适合所有人吗？益生菌真的对肠胃有好处，能抵抗疾病吗？
以色列魏茨曼科学研究所免疫学家Eran Elinav，在一次采访中表示，“这表明益生菌不应该被一刀切地补充。”
换句话说，针对一些情况，还是补充的。比如便秘、腹泻、肠胃炎等肠胃疾病时。益生菌对肠胃疾病的改善，还是大家普遍认可的，至少现在去医院检查肠胃，医生也会开具益生菌来改善情况。
从这个层面来说，益生菌还是有一定的作用。以目前的研究成果来看，益生菌是“因人而异”的，有先天性免疫缺陷病如艾滋病等应慎用。
而脂肪肝、高血压、便秘/腹泻、糖尿病、乳糖不耐、肝硬化、炎症性肠病人群，可以在专业人士的指导下服用。
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