最近科學家發現，有的人的消化道會阻止標準益生菌對其進行“殖民”。此外，服用益生菌對抗抗生素會有副作用，可能會延續正常腸道細菌和基因迴歸初始狀態。
有人就擔心：益生菌真的適合所有人嗎？益生菌真的對腸胃有好處，能抵抗疾病嗎？
以色列魏茨曼科學研究所免疫學家Eran Elinav，在一次採訪中表示，“這表明益生菌不應該被一刀切地補充。”
換句話說，針對一些情況，還是補充的。比如便秘、腹瀉、腸胃炎等腸胃疾病時。益生菌對腸胃疾病的改善，還是大家普遍認可的，至少現在去醫院檢查腸胃，醫生也會開具益生菌來改善情況。
從這個層面來說，益生菌還是有一定的作用。以目前的研究成果來看，益生菌是“因人而異”的，有先天性免疫缺陷病如艾滋病等應慎用。
而脂肪肝、高血壓、便秘/腹瀉、糖尿病、乳糖不耐、肝硬化、炎症性腸病人群，可以在專業人士的指導下服用。
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