孫恩的第一次叛亂被劉牢之一巴掌給打下去了。但是他馬上又站起來了。
孫恩的叛亂比起中國歷史上其他的叛亂（也叫農民起義吧），最大的不同就是他是在海島上的。而由於孫恩經常定居海島，動不動乘船登陸騷擾人們，所以被大夥稱為“中原海寇之始”。這也給後世海盜提供了模板，所以後人常常稱海盜為孫恩，而孫恩也成了中國海盜的代名詞了，今天你遇到孫恩沒有，說的就是於是海盜的情況。有興趣的可以搞搞中國海盜的電影，超越某勒比海盜。
孫恩捲土重來的速度超級快，公元400年五月（隔了一年），孫恩再次出擊。
這一次孫恩出動，可是做足了準備了，他帶著十餘萬的士兵，千餘艘戰艦，一路浩蕩出發，以迅雷不及掩耳之勢攻佔了浹口（今天鎮海口），接著又拿下了餘姚和上虞，打到了邢浦，目標直指會稽（我又回來了）。
孫恩
這時朝廷還沒來得及出軍，而守在前線的就是謝安的次子，上次和劉牢之一起退敵的——謝琰。
謝琰自從上次退敵後，就奉旨領會稽內史、都督五郡軍事。而且加上謝琰是謝家人，那在當時可是有極高的聲望的。所以這位謝將軍就開始膨脹了，膨脹到三百多斤都不止。在擔任會稽內史的時候，他非但沒有認識到孫恩賊心不死的想法，也沒意識到會稽作為防守前線的意義。以至於他來到這裡都沒有整頓，史載“及至郡，無綏撫之能，而不為武備”。說的是，沒有安撫百姓的能力，也不去整頓軍隊。膨脹，嘚瑟，不得了。
謝琰
這時他的手下看不過眼了，就勸他要注意強賊孫恩，別盲目。結果謝琰還振振有詞，說道“苻堅百萬之眾，尚且送死淮南，何況倉皇逃到海上的孫恩。如果他再來，正是上天不容，讓他快來送死而已。”
謝琰以為自己跟他老爸謝安那樣，可以輕鬆破敵。小編先不說結局，大家看謝琰的話，可能都猜得出這次謝琰和孫恩對決的後果了。這種發豪言最後打臉的故事這在歷史上不止一次出現了。告誡大家說話別狂，不然會打臉的。
孫恩接連獲勝後，來到邢浦，在此遭遇了挫敗。而擊敗孫恩的是謝琰參軍劉宣之和上黨太守張虔碩，他們兩人分別擊退了孫恩。這讓謝琰更加覺得，孫恩已經不行了。
孫恩一看，邢浦這地方的人不友好，直接向會稽去了，不跟你耗別的，直接決戰。
而會稽待著的人不是別人，就是謝琰。
這一下謝琰的手下開始擔心了，這會稽都沒有怎麼佈防，怎麼能抵擋啊。於是大夥建議謝琰嚴密防備，最好準備水軍列陣，和海盜孫恩對決。但謝琰根本不理會，也聽不下去，直接玩去了，比謝安當年下棋還瀟灑。
可是謝安下棋，那是佈置了任務的，而謝琰去玩，卻真的就啥都沒的。就好比明天期末考，下課了大夥都在玩，你看大家都這樣，也跟著不復習去玩了。結果人家是複習完了才去的，你連書都沒翻也跟著去，心裡還以為大夥跟你一樣，那考試結果就不用多說了，掛科名單有你大名了。
很快，孫恩兵臨會稽，謝琰本想著這考試很簡單的，隨便蒙幾題就能及格的。結果一考才發現，這比大學高數還難，是名副其實的送命題。
謝琰出城迎戰的時候，連飯都沒吃，還好前鋒桓寶（環保？？）給力，生硬和孫恩戰平，讓孫恩不能獲勝。
於是謝琰就更加開心了，貿貿然在孫恩水軍的岸邊行軍，結果被孫恩戰艦攻擊，軍中頓時大亂，謝琰被手下張猛背後襲擊，所騎戰馬被擊倒，謝琰重重摔地，連同自己兩個兒子一起被殺。會稽再次被孫恩奪得。
這一下朝廷震驚了，滿朝譁然，認為這下孫恩要威脅京城了。朝廷趕忙派孫無終、桓不才和高雅之出兵鎮壓。
孫恩贏得了勝利，繼續施壓，又順路拿下吳國內史袁山松，接著又在公元400年的十一月在餘姚擊敗高雅之，氣勢達到了頂點。
這下已經朝廷受不了了，拿出了終極武器——劉牢之。馬上拜劉牢之為鎮北將軍，都督會稽五郡，鎮壓孫恩。
劉牢之率軍馬上出擊，一戰擊退了氣勢熏天的孫恩，把孫恩打到了海上去。而這一戰，劉牢之的一名參軍表現特別勇猛，可謂是獲勝關鍵，這個人出身貧寒，小時候賣過草鞋，他的名字叫——劉裕。
這個人想必小編不用過多介紹他了，如果要說，劉裕適合一句名言“未來是你的”。（21號新秀鄧肯對詹姆斯說的名言）
孫恩不認識劉裕，他就知道劉牢之，所以他就想著避開劉牢之，打他的部下。於是孫恩在海上漂流一會後，突然出現在京口。
京口那可是北府兵的老巢，意義十分重大，劉牢之馬上率軍回防，接著拍劉裕率幾千去堵截孫恩。
劉裕帶著幾千軍隊（有的說不滿一千）遇上了登陸的孫恩，二話不說馬上出擊，而孫恩看到不是劉牢之，也讓部下出戰。就連百姓們，也都出來看熱鬧了，“登蒜山，居民皆荷擔而立”（登上山上，挑著扁擔看）。
這一戰，劉裕身先士卒，最後大破敵軍，孫恩手下投崖赴水而死者甚眾，孫恩也只能登船逃跑。
老是遇到高手，孫恩都納悶，此處不留爺自有留爺處，被擊敗的孫恩接著又漂流到了鬱洲（擊敗高雅之）。
劉牢之也跟著繼續奔命，這年十二月，劉牢之派劉裕率幾十人偵察敵軍動向。而就是這一次偵察，讓劉裕名氣大振。
領命偵察的劉裕，帶著幾十個騎兵就溜達，結果剛偵察不久，劉裕就迎頭碰上了幾千人的孫恩大軍。幾十人遇上幾千人，這個實力實在有點大。
按理說這樣的敵我差距，跑是最好的選擇，也不會有人說你，你的任務也就是偵察。但是看到敵軍的劉裕，非但沒有倒吸一口涼氣，反而來勁了，當時就下令，迎戰敵軍。（這，哪來的自信啊？）
軍人以服從命令為天職，幾十人的偵察隊伍看大佬都不怕了，於是都跟著劉裕“刷”得衝向敵軍了。
劉裕可謂真是勇猛，手舞長刀，殺敵甚多。但是畢竟人數有限，手下也是戰死大半。可是敵軍卻被這幾十人嚇蒙了，見過不要命的，沒見過這麼不要命的。幾千人的大軍被幾十人打得紛紛潰退，劉裕卻殺得起興，一個人一直追著幾千人殺，根本不知道自己手下的人幾乎都死光了。
而這時孫恩的軍隊只要回頭就會發現，劉裕是光桿司令了，那到時候他們肯定就不會跑了，那劉裕就肯定要捐軀了。就在這時，劉牢之的兒子劉敬宣率主力騎兵到來，看到了軍事史上最神奇的一幕，劉裕追著幾千大軍在跑（畫面太威）。劉敬宣震驚了一下，馬上下令，追擊敵軍。在這樣的情況下，孫恩的大軍潰不成軍，最後被俘殺千餘人。
這一場大勝後，劉裕聲名鵲起，緊接著劉裕乘勝追擊，一把收復會稽，孫恩再次被趕下海。一個劉牢之已經夠嗆了，現在又出現一個劉裕，孫恩的末日也近在咫尺了。而劉裕也在鎮壓孫恩叛亂中，逐漸成長起來了。
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