噴藥是菜農防治病害的主要手段，然而並不是所有病害都能靠噴藥得到防治。有些治療，特別是一些莖稈病害，如辣（甜）椒、茄子等蔬菜的爛稈、西紅柿細菌性髓部壞死等，單靠噴藥防治效果並不好。對於這些莖稈病害，建議菜農在噴藥防病的同時，還要學會給植株“動手術”。
刮
導致辣(甜)椒、茄子等蔬菜爛稈的病害主要有疫病、菌核病、灰黴病和細菌性軟腐病，如果防治不及時，病斑就會迅速繞莖一週，最後導致植株莖內部發生腐爛，直至死棵。這些莖稈病害發生前期只要腐爛沒有達到半圈，就可以進行刮治，即用小刀或刀片將植株腐爛部分刮除乾淨。
塗抹
病斑刮除乾淨後，菜農應及時塗抹藥劑。可將菌核淨與防治細菌的藥劑如銅製劑和抗生素類藥劑混合塗抹病患處，既能防治細菌性病害導致的爛稈，還能預防灰黴病和菌核病導致的爛稈。菜農在塗抹藥劑時最好選擇晴天氣溫較高時塗抹，若在清晨或傍晚塗抹藥劑，病患部總是溼漉漉的，會影響防治效果。
除時間上注意外，塗抹時不要只塗抹傷口處，最好用毛筆或刷子將傷口周圍也一併塗抹上，這樣不僅對整個傷口進行了全面防治，對周圍的部分也起到了防治效果。塗抹藥劑後會在傷口處形成較長時間的水膜，這為細菌的侵入提供了條件，因此，菜農最好在藥劑中再添加細乾土以達到吸溼的目的。
除了塗抹藥劑，有些菜農通過塗抹溼泥很好地防治住了灰黴病。用泥巴封住病斑後隔離了空氣，形成缺氧環境，從而起到抑制病菌繁殖和擴展的作用。菜農在棚裡點花或打葉等農事操作時，一旦發現受到灰黴病侵染的莖稈，可隨時從地裡挖起一塊泥巴將病斑封起來，方法簡單易操作，且綠色環保。
注射
對於西紅柿細菌性髓部壞死病，該病病菌是在植株髓部繁殖，一般的藥液難以達到發病部位，防治效果很差。對於該病，菜農可採取莖稈注射法來防治。
剖
對於發生細菌性髓部壞死病且莖稈內部出現褐變的植株，菜農可縱向剖開發病植株將壞死部分剔除，並用中生菌素等細菌性藥劑塗抹在病處。這樣做雖對植株傷害較大，但是防治效果最直接、最有效。
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