馬萬祺出生於1919年10月，廣東廣州人。年輕時就開始從商，1938年日軍侵佔廣州，馬萬祺從廣州遷往香港，最後移居澳門。五十年代，西方列強圍堵中國，他積極協助澳門國營機構轉運戰略物資支持解放海南與廣西，並且推動澳門工商界人士回祖國參加各類工業建設。在此期間，他與周恩來、朱德、董必武、葉劍英、何香凝、廖承志等中共和民主黨派領導人都有交往。
早在澳門即將回歸的動議之前，葡萄牙政府在與中國政府的談判中提出，多年來葡方在澳門沒有駐軍，中方也不能駐軍。當時中方一位談判人員認同葡方這一意見。馬萬祺獲悉這一消息後，立即向新華社澳門分社(即現中央人民政府駐澳門聯絡辦公室)負責人表達強烈意見，請即向中央反映。
他提出，澳門駐軍對維護國家的主權、統一、領土完整和人民的安全有著重大的意義，對鞏固和維護澳門社會秩序十分必要。當中央接到馬萬祺對澳門必須駐軍的意見後，經過一段時間詳細研究，新華社澳門分社便轉知馬萬祺，中央同意馬老意見，一定在澳門駐軍，請放心。事後證明，中央駐軍澳門的決策與馬萬祺的看法是相同的。
後來馬萬祺在接受採訪時深有感觸地說，澳門迴歸前，治安狀況很不好，社會上常有打打殺殺、綁架的事情發生，很多有錢人不敢在澳門逗留，有條件的家庭紛紛把子女送到國外讀書。澳門迴歸以後，治安好了很多，整個社會環境平靜、安寧，這一方面得益於中央政府的支持、特區政府的努力、當地群眾的合力，更重要的是駐澳部隊起了威懾作用。
在改革開放之初，馬萬祺熱心推動港澳鄉親在廣東投資發展，共同建設珠江三角洲。他與何賢、霍英東等一起投巨資擴建廣珠公路，同時新建四座橫跨珠江支流的公路大橋，使從澳門到廣州之間的交通得到改善，投資興建國內首家中外合資賓館中山溫泉賓館和中外合資酒店佛山旋宮酒店。其後，他與馮景禧、何賢和旅港南海商會捐資350萬港元復辦南海中學，獨資捐建南海醫院門診大樓，捐資380萬港元建造佛山市文化中心，捐資復辦元甲小學。
馬萬祺常說：財富得之於社會，要應用於社會。因此，他在家鄉和內地進行了大量的捐贈。他向家鄉南海縣和內地的捐贈項目很多，涉及教育、體育、醫療、文化等多個方面。上世紀90年代，巢湖邊上的一個小漁村被大水吞沒。馬萬祺獲悉此事後，和其他澳門愛國人士向這個小漁村伸出援助之手，他們捐資200餘萬元給這個小漁村重建家園。這個小漁村重建後被命名為“澳門新村”。
1991年華東水災，他向災區捐贈港幣100萬元，在國家有危難時他從不吝於出手。雖然身在澳門，但是對祖國，馬萬祺總是以拳拳之心、赤誠之情相追隨。
馬萬祺先生，於2014年5月26日18時在北京逝世，享年95歲，遺體將運回澳門安葬。
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