在临床用药治病时，只了解药物的“七情”是远远不够的，还有用药禁忌也是不容忽视的。
用药禁忌至少要了解配伍禁忌、妊娠禁忌和服药时的饮食禁忌这三大板块的内容。配伍禁忌主要要注意药物之间的“相恶”、“相畏”和“相反”。《神农本草经》指出“勿用相恶，相反者”，“若有毒宜制，可用相畏、相杀者，不尔，勿合用也”。自宋代以后，将“相畏”关系也列为配伍禁忌，与“相恶”混淆不清。因此，“十九畏”的概念，与上文中所谈的“七情”中的“相畏”涵义并不相同。
历代关于配伍禁忌的认识和发展，在古籍中说法并不一致。金元时期概括为“十八反”（ 甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；乌头反贝母、瓜萎、半夏、白蔹、白及；藜芦反人参、沙参、丹参、玄参、细辛、芍药）和“十九畏”（硫黄畏朴硝，水银畏砒霜，狼毒畏密陀僧，丁香畏郁金，川乌、草乌畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏石脂，人参畏五灵脂，巴豆畏牵牛），之后的《本草纲目》及《药鉴》等书所记，略有出入，但人们普遍记住的是“十八反”，“十九畏”歌诀（见《珍珠囊补遗药性赋》）。
在浩瀚的中医文献里，往往发现“十九畏”和“十八反”诸药中的一部分药物同实际应用有些出入，历代医家也有所论及，并引古方为据，证明某些药物仍然可以合用。
如感应丸中的巴豆与牵牛同用；甘遂半夏汤以甘草同甘遂并列；散肿溃坚汤、海藻玉壶汤等均合用甘草和海藻；十香返魂丹是将丁香、郁金同用；大活络丹乌头与犀角同用等。现代这方面的研究工作做得不多，有些实验研究初步表明，如甘草、甘遂两种药合用时，毒性的大小主要取决于甘草的用量比例，甘草的剂量若相等或大于甘遂，毒性较大；又如贝母和半夏分别与乌头配伍，未见明显的增强毒性。而细辛配伍藜芦，则可导致实验动物中毒死亡。
由于对“十九畏”和“十八反”的研究，还有待进一步作较深入的实验和观察，并研究其机理，因此，目前应采取慎重态度。一般说来，对于其中一些药物，若无充分根据和应用经验，仍须避免盲目配合应用。
除了配伍禁忌之外，还有一项禁忌非同小可，那就是妊娠禁忌。历代医家对本草的研究和实践中发现，某些药物具有损害胎元以致堕胎的不良反应，所以应该作为妊娠禁忌的药物。根据药物对于胎元损害程度的不同，一般可分为禁用与慎用二类。
禁用的大多是毒性较强，或药性猛烈的药物，如巴豆、牵牛、大戟、班蝥、商陆、麝香、三棱、莪术、水蛭、虻虫等；慎用的包括通经去瘀、行气破滞以及辛热等药物，如桃仁、红花、大黄、枳实、附子、干姜、肉桂等。在对妊娠女性施药时，切记：凡妊娠禁忌中的禁用药物，绝对不能使用；妊娠禁忌中慎用的药物，要根据孕妇患病的情况，斟情使用。但没有特殊必要时，应尽量避免，以防发生事故。
还有一种用药禁忌就是食忌（饮食禁忌），也就是通常所说的忌口。在古代文献上有常山忌葱；地黄、何首乌忌葱、蒜、萝卜；薄荷忌鳖肉；茯苓忌醋；鳖甲忌苋菜；蜜反生葱等。这说明服用某些药时不可同吃某些食物。另外，由于疾病的关系，在服药期间，凡属生冷、黏腻、腥臭等不易消化及有特殊刺激性的食物，都应根据需要予以避免。高热患者还应忌油。
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