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明朝的两京制是继承了前代的制度。洪武初年曾以开封为“北京”，但在洪武十一年（1378）去掉开封的“北京”称号，改南京为京师。同时也停止了修建中都凤阳。洪武二十四年（1391）又遣太子去陕西“相宅”，欲都陕西。但因为太子巡抚陕西后不久薨逝，故而作罢。永乐元年（1403）改北平布政使司为北京，改北平府为顺天府。永乐十九年（1421）正月正式定都北京，称北京为京师，原应天府为南京，称留都。
明朝两京制与历史上的两京、多京制比较，自有其特点。
《客座赘语》卷二《两都》条引户部郎中谢彬的话说：“商迁五都，不别置员。周营雒邑，惟命保厘。汉、唐旧邦，止设京兆。宋于西京，仅命留守。保厘、京兆，即今府尹是已。未闻两都并建六卿如今日也。”这就是说明朝两京制一个重要的特点就是在留都也设有一套完整的中央机构。
《明史·职官志》云：“南京官……（永乐）十八年，官属悉移北，南京六部所存惟礼、刑、工三部，各一侍郎，在南之官加‘南京’字于职衔上。仁宗时补设官属，除‘南京’字。”正统六年（1441），仍称南京官。
南京所设机构与北京相仿，也有五府、六部、九卿等衙门，品级与京也完全相同。但既非京师，必然有区别于北京机构的特点。
比如，北京的政权核心是皇帝，而南京的核心由南京守备、协同守备和参赞机务等官组成，办公地点在南京中军都督府，称守备厅。南京一切留守、防护之事均由这个核心统辖。南京守备多由公、侯、伯充任。成化二十三年（1487）后，南京参赞机务由兵部尚书专任。
上图明孝陵
南京既为留都，事关东南半壁江山，皇帝不放心交给几个公、侯、伯掌管，故在设置南京守备之后，于洪熙元年（1425）二月，设立守备太监。表面上看，守备与守备太监是平行的，不相统属。但守备太监是“司礼监外差”，天子“三千里外亲臣”，所以守备虽以公、侯、伯之尊，也要屈尊俯首。守备厅会议在议事时，太监通常“据首席”。目的是保障南京权力核心不偏离整个国家的核心——皇帝。
上图明孝陵，康熙题“治隆唐宋”碑
由于皇帝不在南京，故而南京不设内阁。南京的官员定额也大大少于北京，责权也小于北京。北京的中央机构掌管全国事务，南京中央机构多限于南京及南直隶地区。南京远离天子，行文多经北京相应机构转呈，不可避免的要受北京机构的制约。南京机构中有些纯属于框架式的，为了和北京“对称”，无任何职事。即使非框架式，也比较清闲。
明朝后期，朝臣多结党，得势者居北京，失势者处南京，政局一翻转，则南北互调，所以南北两京官吏的调动，与时局密切相关。
邓海春
明朝施行的是“两京制”，立国之初明太祖定都应天府称作“南京”，而明成祖朱棣发动靖难之变夺位以后，北方防卫空虚，而成祖也感觉南京前朝势力强大，所以最后迁都北京，将南京作为留都。
成祖迁都以后，出于种种原因仍旧保留了南京的都城地位，并且保留了一整套的行政机构，六部、都察院、通政司、五军都督府、国子监、翰林院等，甚至连紫禁城中的太医院等也有。南京的官吏级别与北京完全相同，但是职责范围只局限于南京，所以权力小了很多。在明朝，从北京调往南京多是一种贬斥，而明朝后期，随着朋党之争激化，大量失意官吏聚集南京。
南京所在的南直隶，是明帝国最富庶的地区，包括如今的江苏安徽两省，以及上海市。也是非常特殊的地方，南直隶的十八个州府不属于任何行政区，而直接对六部负责。
崇祯末年，北京被攻破以后，明朝在南京仍旧保留着一整套的完整体系，按道理比当年的南宋条件优越太多，但最终也没能续命。
澹奕
明朝是中国封建王朝的倒数第二个，从开国皇帝明太祖朱元璋到崇祯皇帝自缢于煤山，历时两百多年。
说到
南京与明朝的渊源，确实还不小。明太祖朱元璋建立明朝，将首都定位应天府，也就是今天的南京。
后来朱元璋传位与长孙朱允炆，继续以南京为首都。再后来朱允炆的叔叔燕王在北方起兵，以清君侧，靖内难之名迅速南下攻克首都南京，史称靖难之役。当时的皇帝朱允炆在宫殿大火之中，下落不明，随即燕王朱棣称帝，改永乐大帝。
朱棣称帝后，就想着迁都顺天府，即今天的北京。他前期也做了不少准备，将北平改名北京，在北京大兴土木。1421年，在北京修好后的第二年，迁都北京。 然而，即便是这样，永乐大帝朱棣并没有放弃应天府南京，而是把南京当作了留都。留都与陪都是不一样的。陪都就是两个都城，一主一次。而留都是都城迁出去，但是原本都城还留有各级官员与部门。
所以，这样我们就知道为什么朱棣迁都北京以后，南京仍然有六部，督察院等中央部门了。
