總兵府是明清時代的稱呼，是南澳總兵的衙署，位於南澳島深澳鎮大衙口。
最初建於明朝萬曆四年（1576年），是當時的南澳副總兵晏繼芳建造的。
萬曆九年，副總兵侯繼高增建總兵府的後樓，成為一個完整的總兵衙署。
明清兩朝，到南澳上任的總兵副總兵共有157任147人。
由於南澳島地處東南沿海要衝，介於粵東與閩南之間，是軍事要地，封建統治者怕這裡擁兵自重，所以一個小小海島竟劃分由廣東和福建共管。
中間由雄鎮關做為分界線。
明清時海禁很嚴，朝廷限制愈厲害，民間走私活動愈猖獗。
加上外有倭寇的侵擾，內有海盜盤踞，朝廷派駐的士兵越來越多，南澳的規格也逐步升級，最後成為管制閩粵臺的重要軍事基地。
總兵府前現遺存有八千斤，六千斤土炮各一尊。
據炮上銘文，是清代道光二十年（1840年）鑄造，兩尊炮原分別架設於深澳草寮尾和深澳東門外。
總兵府前的兩棵大榕樹，據說已有410年的樹齡，其中一棵樹圍達14米，枝葉繁茂，生機旺盛。
據說明朝末年鄭成功曾在樹下講演，招兵去收復臺灣。所以這樹後人又稱“招兵樹”。
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